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J-GLOBAL ID：201802259992378340   整理番号：18A0819541

法医学的症例サンプルのミトコンドリアDNAにおけるシトシンデアミノ化によるDNA損傷の修復【JST・京大機械翻訳】

Repair of DNA damage caused by cytosine deamination in mitochondrial DNA of forensic case samples

著者 (6件)： Gorden Erin M. (Armed Forces Medical Examiner System’s Armed Forces DNA Identification Laboratory (AFMES-AFDIL), Dover Air Force Base, DE, United States) ,  Gorden Erin M. (ARP Sciences, LLC, Rockville, MD, United States) ,  Sturk-Andreaggi Kimberly (Armed Forces Medical Examiner System’s Armed Forces DNA Identification Laboratory (AFMES-AFDIL), Dover Air Force Base, DE, United States) ,  Sturk-Andreaggi Kimberly (ARP Sciences, LLC, Rockville, MD, United States) ,  Marshall Charla (Armed Forces Medical Examiner System’s Armed Forces DNA Identification Laboratory (AFMES-AFDIL), Dover Air Force Base, DE, United States) ,  Marshall Charla (ARP Sciences, LLC, Rockville, MD, United States)
資料名： Forensic Science International: Genetics  (Forensic Science International: Genetics)
巻： 34  ページ： 257-264  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3148A  ISSN： 1872-4973  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シトシン脱アミノ化からのDNA配列損傷は,古代および法医学的状況からのそれらのような分解試料において十分に記録されている。本研究では,老化および分解した骨格試料からのミトコンドリアDNA(mtDNA)に対するDNA修復処理の影響を調べた。21の非発端者,分解骨格試料(50~70歳)からのDNA抽出物を分析に利用した。各試料抽出物の一部は,市販の修復キット,New England BioLabs’NEBNext FFPE DNA修復キット(Ipswich,MA)を用いてDNA修復を行った。mtDNAはPCRを用いて濃縮し,未処理および修復DNAの側副実験において標的化した。配列決定は,伝統的(Sanger型;STS)および次世代配列決定(NGS)法の両方を用いて行った。シトシン脱アミノ化はmtDNA配列データにおいて明らかであったが,損傷塩基の観察レベルは配列決定法および濃縮型により変化した。STS PCRアンプリコンデータは,未処理または修復試料セットのどちらかにおいて背景シグナルと区別できるシトシン脱アミノ化の証拠を示さなかった。しかしながら,同じPCRアンプリコンは,NGS法を用いて配列決定したとき,850C→T/G→A置換を示した。NGS法を用いて配列決定したとき,25%までの変異頻度(VF)を示した。修復後のNGSアンプリコンデータにおいて,シトシン脱アミノ化による塩基誤取込の発生は98%(10)減少した。NGS捕捉データは,DNA修復により効果的に軽減されたmtDNAフラグメントにおけるシトシン脱アミノ化の低レベル(1~2%)を示した。PCRと捕捉濃縮法の間のシトシン脱アミノ化のレベルにおける観察された差異は,用いたPCR濃縮技術(例えば,低いテンプレート入力,増加したPCRサイクル)からの確率的影響に対するより大きな傾向に起因している可能性がある。これらの結果は,NGS法により分解した法医事例試料からPCR増幅DNAを配列決定するとき,DNA修復が必要であることを示す。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *DNA損傷 ,  DNA修復 ,  脱アミノ ,  PCR法 ,  ターゲティング ,  *DNA【核酸】 ,  *法医学 ,  *アミノ化 ,  捕獲 ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物
準シソーラス用語： アンプリコン ,  抽出物 ,  DNA抽出 ,  DNA配列 ,  *ミトコンドリアDNA , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： DNA損傷 ,  ミトコンドリアDNA ,  次世代シークエンシング(NGS)

分類 (3件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  細胞構成体の機能  (EF03060C)

物質索引 (1件)： シトシン

タイトルに関連する用語 (6件)： 法医学 ,  症例 ,  サンプル ,  ミトコンドリアDNA ,  DNA損傷 ,  修復