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J-GLOBAL ID：201802260034648000   整理番号：18A0975488

完全長BRCA1 mRNA転写産物のナノポア配列決定は既知のエキソンスキッピング事象の共起を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Nanopore sequencing of full-length BRCA1 mRNA transcripts reveals co-occurrence of known exon skipping events

著者 (8件)： Jong Lucy C. de (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand) ,  Cree Simone (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand) ,  Lattimore Vanessa (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand) ,  Wiggins George A. R. (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand) ,  Spurdle Amanda B. (Genetics and Computational Biology Division, QIMR Berghofer Medical Research Institute, Queensland, Australia) ,  Miller Allison (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand) ,  Kennedy Martin A. (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand) ,  Walker Logan C. (Department of Pathology, University of Otago, Christchurch, New Zealand)
資料名： Breast Cancer Research (Web)  (Breast Cancer Research (Web))
巻： 19  号： 1  ページ： 127  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7313A  ISSN： 1465-542X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： BRCA1 mRNAスプライシングに及ぼすDNA配列変異体の影響を評価する実験室アッセイは,分子的証拠を提供することにより分類に寄与する可能性がある。しかしながら,これまでの正常および異常BRCA1スプライシングイベントの知識は,部分転写配列を標的とするアッセイから得られたデータに限られている。本研究では,全BRCA1 mRNA転写産物を調べ,フレーム内及びフレーム外スプライシング事象の正確なカテゴリー化を提供するために,ナノ細孔配列決定の有用性を調べた。以前に研究された対照リンパ芽球細胞系からのBRCA1転写物のエキソン構造を,長距離逆転写酵素-PCRアンプリコンのミニイオンナノ細孔配列決定を用いて評価した。本研究では,複数の隣接および/または非隣接エキソンのスキップを示す18の新規アイソフォームを含む32の完全BRCA1アイソフォームを同定し,特性化した。さらに,Δ(9,10)およびΔ21のような既知のBRCA1エキソンスキップ現象が,4つまたはそれ以上のオルタナティブスプライス接合を含むいくつかのアイソフォームを有する単一転写物において共存することを示した。14の新規イソ型は,以前に同定されたオルタナティブスプライス結合の組み合わせから完全に形成され,BRCA1アイソフォームの総数は以前に報告されたスプライシング事象の数よりも低い可能性があることを示唆した。著者らの結果は,以前に記述されていなかったBRCA1転写物構造の複雑さを強調する。この発見はスプライシング転写物の翻訳フレームの予測に重要な意味を持ち,スプライセオゲネシス変異体の臨床的意義を解釈するために重要である。将来の研究は,完全長BRCA1転写物レベルを定量的に評価し,潜在的スプライセオゲネシス変異体のルーチン評価のためのナノ細孔配列決定の応用を評価するために保証されている。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *転写 ,  *mRNA ,  キャラクタリゼーション ,  接合 ,  逆転写酵素
準シソーラス用語： ルーチン ,  アイソフォーム ,  アンプリコン ,  長距離 ,  リンパ芽球 ,  DNA配列 ,  エキソンスキッピング ,  ナノ細孔 ,  *転写産物 ,  *BRCA1蛋白質 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： BRCA1 ,  スプライシング ,  ミニイオン ,  ナノ細孔配列決定 ,  完全長転写物 ,  エキソンスキッピング

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (19件)：

• Genome Med; Variants of uncertain significance in BRCA: a harbinger of ethical and policy issues to come?; JY Cheon, J Mozersky, R Cook-Deegan; 6; 12; 2014; 121; 10.1186/s13073-014-0121-3; citation_id=CR1
• Am J Hum Genet; Integrated evaluation of DNA sequence variants of unknown clinical significance: application to BRCA1 and BRCA2; DE Goldgar, DF Easton, AM Deffenbaugh, AN Monteiro, SV Tavtigian, FJ Couch; 75; 4; 2004; 535-44; 10.1086/424388; citation_id=CR2
• Hum Mutat; ENIGMA-Evidence-based Network for the Interpretation of Germline Mutant Alleles: an international initiative to evaluate risk and clinical significance associated with sequence variation in BRCA1 and BRCA2 genes; AB Spurdle, S Healey, A Devereau, FB Hogervorst, AN Monteiro, KL Nathanson, P Radice, D Stoppa-Lyonnet, S Tavtigian, B Wappenschmidt; 33; 1; 2012; 2-7; 10.1002/humu.21628; citation_id=CR3
• Hum Mutat; A review of a multifactorial probability-based model for classification of BRCA1 and BRCA2 variants of uncertain significance (VUS); NM Lindor, L Guidugli, X Wang, MP Vallee, AN Monteiro, S Tavtigian, DE Goldgar, FJ Couch; 33; 1; 2012; 8-21; 10.1002/humu.21627; citation_id=CR4
• Hum Mutat; Detection of splicing aberrations caused by BRCA1 and BRCA2 sequence variants encoding missense substitutions: implications for prediction of pathogenicity; LC Walker, PJ Whiley, FJ Couch, DJ Farrugia, S Healey, DM Eccles, F Lin, SA Butler, SA Goff, BA Thompson; 31; 6; 2010; E1484-505; 10.1002/humu.21267; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (6件)： BRCA1 ,  mRNA ,  転写産物 ,  ナノポア ,  エキソンスキッピング ,  事象