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J-GLOBAL ID：201802260490018864   整理番号：18A0966043

TaxMapper 真核生物微生物のメタ分析のための分析ツール,参照データベースおよびワークフロー【JST・京大機械翻訳】

TaxMapper: an analysis tool, reference database and workflow for metatranscriptome analysis of eukaryotic microorganisms

著者 (6件)： Beisser Daniela (Biodiversity, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany) ,  Graupner Nadine (Biodiversity, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany) ,  Grossmann Lars (Biodiversity, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany) ,  Timm Henning (Genome Informatics, University of Duisburg-Essen, University Hospital Essen, Essen, Germany) ,  Boenigk Jens (Biodiversity, University of Duisburg-Essen, Essen, Germany) ,  Rahmann Sven (Genome Informatics, University of Duisburg-Essen, University Hospital Essen, Essen, Germany)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 787  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】高スループット配列(HTS)技術は,全コミュニティのmRNA配列決定によって複雑な微生物生態系を分析するためにますます適用されている。このアプローチは,配列決定されたゲノムを持つ少数の真核生物種の原核生物群集と群集に大きく制限される。真核生物については,分析は主に,コミュニティ構成を推論するための参照データベースの低いおよび断片化された範囲によって妨げられるが,タスクのための自動化されたワークフローの欠如によっても妨げられる。【結果】生物工学情報と海洋微生物真核生物転写計画のための国立センターのデータベースから,分類群が真核生物の7つのスーパーグループの各々の主な系統を代表し,主に完全なトランスクリプトームまたはゲノムを有するように,142の参照を選択した。これらの参照から,著者らは注釈された微小真核生物参照データベースを作成した。著者らは,このデータベースに対する配列決定の信頼性のあるマッピングと信頼できない割当のフィルタリングのために,TaxMapperと呼ばれるツールを開発した。フィルタリングのために,分類装置を訓練し,データベースにおける分類群の配列,データベースにおけるそれらに関連する分類群の配列,およびランダム配列の各について試験した。さらに,TaxMapperは,環境データを含む品質評価,機能的および分類学的アノテーションおよび(多変量)統計解析を実行するために開発されたメタトランスクリプトのSnake作成ワークフローの一部である。ワークフローを提供し,環境サンプルのメタトランスクリプト分析に適用するために研究者を経験するために詳細に記述した。【結論】TaxMapperは,標準的アプローチと比較して優れた性能を示し,真の陽性分類学的帰属のより高い数をもたらす。TaxMapperツールとワークフローの両方は,MIT 免許の下でBitバケットにおけるオープンソースコードとして利用可能である: https/bitbucket.org/dbeisser/taxmappperandとして,https/biodonda.github.io/recipe/axmappa/README.html.。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 自動化 ,  *データベース ,  *ワークフロー ,  ゲノム ,  フィルタリング ,  バイオテクノロジー ,  *微生物 ,  アノテーション ,  *真核生物 ,  コミュニティ ,  mRNA ,  トランスクリプトーム ,  *メタ分析 ,  統計解析
準シソーラス用語： 分類群 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (3件)： メタトランスクリプト解析 ,  分類学的割当 ,  原生生物

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

引用文献 (61件)：

• PLoS Biol; The Marine Microbial Eukaryote Transcriptome Sequencing Project (MMETSP): Illuminating the Functional Diversity of Eukaryotic Life in the Oceans through Transcriptome Sequencing; PJ Keeling, F Burki, HM Wilcox, B Allam, EE Allen, LA Amaral-Zettler, EV Armbrust, JM Archibald, AK Bharti, CJ Bell, B Beszteri, KD Bidle, CT Cameron, L Campbell, DA Caron, RA Cattolico, JL Collier, K Coyne, SK Davy, P Deschamps, ST Dyhrman, B Edvardsen, RD Gates, CJ Gobler, SJ Greenwood, SM Guida, JL Jacobi, KS Jakobsen, ER James, B Jenkins, U John, MD Johnson, AR Juhl, A Kamp, LA Katz, R Kiene, A Kudryavtsev, BS Leander, S Lin, C Lovejoy, D Lynn, A Marchetti, G McManus, AM Nedelcu, S Menden-Deuer, C Miceli, T Mock, M Montresor, MA Moran, S Murray, G Nadathur, S Nagai, PB Ngam, B Palenik, J Pawlowski, G Petroni, G Piganeau, MC Posewitz, K Rengefors, G Romano, ME Rumpho, T Rynearson, KB Schilling, DC Schroeder, AGB Simpson, CH Slamovits, DR Smith, GJ Smith, SR Smith, HM Sosik, P Stief, E Theriot, SN Twary, PE Umale, D Vaulot, B Wawrik, GL Wheeler, WH Wilson, Y Xu, A Zingone, AZ Worden; 12; 6; 2014; 1001889; 10.1371/journal.pbio.1001889; CR1;
• Science; Eukaryotic plankton diversity in the sunlit ocean; C de Vargas, S Audic, N Henry, J Decelle, F Mahe, R Logares, E Lara, C Berney, N Le Bescot, I Probert, M Carmichael, J Poulain, S Romac, S Colin, JM Aury, L Bittner, S Chaffron, M Dunthorn, S Engelen, O Flegontova, L Guidi, A Horak, O Jaillon, G Lima-Mendez, J Luke, S Malviya, R Morard, M Mulot, E Scalco, R Siano, F Vincent, A Zingone, C Dimier, M Picheral, S Searson, S Kandels-Lewis, SG Acinas, P Bork, C Bowler, G Gorsky, N Grimsley, P Hingamp, D Iudicone, F Not, H Ogata, S Pesant, J Raes, ME Sieracki, S Speich, L Stemmann, S Sunagawa, J Weissenbach, P Wincker, E Karsenti, E Boss, M Follows, L Karp-Boss, U Krzic, EG Reynaud, C Sardet, MB Sullivan, D Velayoudon; 348; 6237; 2015; 1261605-1261605; 10.1126/science.1261605; CR2;
• Front Genet; The Road to Metagenomics: From Microbiology to DNA Sequencing Technologies and Bioinformatics,; A Escobar-Zepeda, A Vera-Ponce de León, A Sanchez-Flores; 6; DEC; 2015; 348; CR3;
• Organisms Divers Evol; Protists - A textbook example for a paraphyletic taxon; M Schlegel, N Hülsmann; 7; 2; 2007; 166-72; 10.1016/j.ode.2006.11.001; CR4;
• Cold Spring Harb Perspect Biol; The Eukaryotic Tree of Life from a Global Phylogenomic Perspective; F Burki; 6; 5; 2014; 016147-016147; 10.1101/cshperspect.a016147; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： 真核生物 ,  微生物 ,  メタ分析 ,  分析ツール ,  参照 ,  データベース ,  ワークフロー