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J-GLOBAL ID：201802260540698196   整理番号：18A0976295

MALIの単一地理的位置における高いVAR配列多様性を明らかにする新しいVAR再構成アルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

New var reconstruction algorithm exposes high var sequence diversity in a single geographic location in Mali

著者 (26件)： Dara Antoine (Division of Malaria Research, Institute for Global Health, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Drabek Elliott F. (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Travassos Mark A. (Division of Malaria Research, Institute for Global Health, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Moser Kara A. (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Delcher Arthur L. (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Su Qi (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Hostelley Timothy (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Coulibaly Drissa (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Daou Modibo (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Dembele Ahmadou (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Diarra Issa (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Kone Abdoulaye K. (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Kouriba Bourema (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Laurens Matthew B. (Division of Malaria Research, Institute for Global Health, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Niangaly Amadou (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Traore Karim (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Tolo Youssouf (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Fraser Claire M. (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Fraser Claire M. (Department of Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Fraser Claire M. (Department of Medicine, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Thera Mahamadou A. (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Djimde Abdoulaye A. (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Doumbo Ogobara K. (Malaria Research and Training Center, University of Science, Techniques and Technologies, Bamako, Mali) ,  Plowe Christopher V. (Division of Malaria Research, Institute for Global Health, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Silva Joana C. (Institute for Genome Sciences, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA) ,  Silva Joana C. (Department of Microbiology and Immunology, University of Maryland School of Medicine, Baltimore, USA)
資料名： Genome Medicine (Web)  (Genome Medicine (Web))
巻： 9  号： 1  ページ： 30  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7320A  ISSN： 1756-994X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】var遺伝子ファミリーによってコード化されて,高度に可変性のPlasmodium falciparum赤血球膜蛋白質-1(PfEMP1)蛋白質は,感染赤血球の組織特異的細胞接着を媒介し,免疫回避と重症マラリア病をもたらす。個々の感染に対する40-60 var遺伝子補完を配列決定し,組み立てることは非常に困難であり,分子疫学研究とサブユニットワクチン候補としての特定のvar要素の評価を妨げている。【方法】著者らは,新しいアルゴリズム,Exon-Targeted Hybrid Assembly(ETHA)を開発し,検証し,太平洋生物科学とIllinaデータの組合せに基づいて,var遺伝子配列の標的化集合を実行した。【結果】ETHAを用いて,単一のMilian村からの小児における複雑なマラリア感染症からの12のサンプルにおけるvar遺伝子のレパートリーを特性化し,それらが世界中の分離株からの品種として遺伝的に多様であることを示した。胎盤マラリア病原性に関連するvarファミリーのメンバーである遺伝子var2csaは,以前に重症マラリアと関連していたように,各ゲノムに存在した。【結論】臨床サンプルから新しいvar配列を発見するツール,ETHAは,マラリア病因の理解を助け,PfEMP1に基づくマラリアワクチンの設計を知らせる。ETHAは以下のように利用可能である: https//sourcefforge.net/project/etha/。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 赤血球 ,  病原性 ,  細胞接着 ,  子供 ,  遺伝 ,  感染 ,  Plasmodium falciparum ,  マラリア原虫 ,  *アルゴリズム ,  ゲノム ,  マラリア ,  膜タンパク質 ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： 遺伝子配列 ,  重症マラリア , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： マラリア ,  Plasmodium falciparum ,  Plasmodium falciparum赤血球膜蛋白質-1 ,  PFEMP1 ,  VAR ,  Var2CSA ,  MALI ,  ETA

分類 (1件)： 微生物感染の生理と病原性  (EG03053T)

引用文献 (46件)：

• Proc Natl Acad Sci U S A; A prospective analysis of the Ab response to Plasmodium falciparum before and after a malaria season by protein microarray; PD Crompton, MA Kayala, B Traore, K Kayentao, A Ongoiba, GE Weiss; 107; 2010; 6958-63; 10.1073/pnas.1001323107; CR1;
• Trans R Soc Trop Med Hyg; Antibodies to blood stage antigens of Plasmodium falciparum in rural Gambians and their relation to protection against infection; K Marsh, L Otoo, RJ Hayes, DC Carson, BM Greenwood; 83; 1989; 293-303; 10.1016/0035-9203(89)90478-1; CR2;
• Mol Biochem Parasitol; Plasmodium falciparum erythrocyte membrane protein 1 is anchored to the actin-spectrin junction and knob-associated histidine-rich protein in the erythrocyte skeleton; SS Oh, S Voigt, D Fisher, SJ Yi, PJ LeRoy, LH Derick; 108; 2000; 237-47; 10.1016/S0166-6851(00)00227-9; CR3;
• Cell; Cloning the P. falciparum gene encoding PfEMP1, a malarial variant antigen and adherence receptor on the surface of parasitized human erythrocytes; DI Baruch, BL Pasloske, HB Singh, X Bi, XC Ma, M Feldman; 82; 1995; 77-87; 10.1016/0092-8674(95)90054-3; CR4;
• Ann Trop Med Parasitol; PfEMP1, polymorphism and pathogenesis; CI Newbold, AG Craig, S Kyes, AR Berendt, RW Snow, N Peshu; 91; 1997; 551-7; 10.1080/00034983.1997.11813173; CR5;

タイトルに関連する用語 (2件)： 多様性 ,  再構成アルゴリズム