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J-GLOBAL ID：201802260759910309   整理番号：18A1195724

臨床化学バイオマーカーデータとCOPDデータベースとの併合-プロテオミクス研究のための臨床インフラストラクチャーの構築【JST・京大機械翻訳】

Merging clinical chemistry biomarker data with a COPD database - building a clinical infrastructure for proteomic studies

著者 (18件)： Eriksson Jonatan (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Eriksson Jonatan (Clinical Protein Science & Imaging, Biomedical Centre, Department of Biomedical Engineering, Lund University, Lund, Sweden) ,  Andersson Simone (Encap Security, Oslo, Norway) ,  Appelqvist Roger (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Appelqvist Roger (Clinical Protein Science & Imaging, Biomedical Centre, Department of Biomedical Engineering, Lund University, Lund, Sweden) ,  Wieslander Elisabet (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Truedsson Mikael (OErestadskliniken, Malmo, Sweden) ,  Bugge May (OErestadskliniken, Malmo, Sweden) ,  Malm Johan (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Malm Johan (Section for Clinical Chemistry, Department of Translational Medicine, Lund University, Skane University Hospital Malmo, Malmo, Sweden) ,  Dahlbaeck Magnus (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Dahlbaeck Magnus (Clinical Protein Science & Imaging, Biomedical Centre, Department of Biomedical Engineering, Lund University, Lund, Sweden) ,  Andersson Bo (Clinical Protein Science & Imaging, Biomedical Centre, Department of Biomedical Engineering, Lund University, Lund, Sweden) ,  Fehniger Thomas E. (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Fehniger Thomas E. (Clinical Protein Science & Imaging, Biomedical Centre, Department of Biomedical Engineering, Lund University, Lund, Sweden) ,  Marko-Varga Gyorgy (Centre of Excellence in Biological and Medical Mass Spectrometry, Biomedical Centre D13, Lund University, Lund, Sweden) ,  Marko-Varga Gyorgy (Clinical Protein Science & Imaging, Biomedical Centre, Department of Biomedical Engineering, Lund University, Lund, Sweden) ,  Marko-Varga Gyorgy (First Department of Surgery, Tokyo Medical University, Tokyo, Japan)
資料名： Proteome Science (Web)  (Proteome Science (Web))
巻： 15  号： 1  ページ： 8  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7393A  ISSN： 1477-5956  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】生物学的サンプルと医学的評価からのデータは,臨床意思決定において不可欠な部分を果たす。このデータは臨床研究において等しく重要であり,その品質が全生涯を通して保存されていることを保証するインフラを持つことが重要である。著者らは,血液中の新しいCOPD(慢性閉塞性肺疾患)バイオマーカーを同定する目的で,5年の縦断的臨床研究,KOL-OErestadを実行している。本研究において,臨床データと血液サンプルを,個人と公衆衛生施設の両方から収集し,データベースとバイオバンクにおける著者らの研究センターで保存した。血液を質量分析により分析し,この分析からの結果を臨床データと関連付けた。方法:データを効率的に収集し分析することを可能にするインフラストラクチャを構築した。著者らは,その短い設定時間,使用の容易さ,および柔軟性のために,研究のためのEDC(電子データキャプチャ)ツールとしてREDCapを使用することを選択した。赤キャップは,ユーザが既存のテンプレートに基づくデータ収集モジュールを容易に設計することを可能にする。さらに,ユーザがデータのバッチを輸入することを可能にする2つの機能を提供する。Web API(アプリケーションプログラミングインタフェイス)を通して,また,CSVファイル(Comma Separed Value)をアップロードすることによって。【結果】著者らは,著者らのバイオマーカーデータをREDCapのCSVテンプレートに適合するフォーマットに変換するソフトウェア,DART(データRapid Translation)を作成した。さらに,DARTは,多くの他のデータフォーマットと同様に作業することができる。DARTを用いて,著者らの臨床化学データをREDCapデータベースに導入した。結論:REDCapのような強力で国際的に採用されたEDCツールは,プロテオミクス研究において効率的に使用できるように拡張できることを示した。本研究では,著者らの臨床化学データをREDCapの鋳型に適合するフォーマットに翻訳するためにDARTを用いてこれを達成した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *データベース ,  柔軟性 ,  品質 ,  ソフトウェア ,  Web【情報システム】 ,  データ収集 ,  *インフラストラクチャー ,  意思決定 ,  *プロテオミクス ,  公衆衛生 ,  *バイオマーカー ,  質量分析
準シソーラス用語： アップロード ,  バイオバンク ,  臨床データ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (8件)： プロテオミクス ,  COPD ,  臨床研究 ,  バイオマーカー ,  プロテオミクス ,  バイオバンキング ,  バイオインフォマティクス ,  EDC

分類 (1件)： 医用情報処理  (JE15030Q)

引用文献 (9件)：

• J Proteome Res; J. Proteome Res, accepted “Biorepository Regulatory Frameworks: Building Parallel Resources that both Promote Scientific Investigation and Protect Human Subjects ”; G Marko-Varga, ES Boja, H Rodriguez, M Baker, TE Fehniger; 12; 2014; 5319-24; 10.1021/pr500475q; CR1;
• Clin Cancer Res; AACR-FDA-NCI Cancer Biomarkers Collaborative Consensus Report: advancing the use of biomarkers in cancer drug development; SN Khleif, JH Doroshow, WN Hait; 16; 2010; 3299-318; 10.1158/1078-0432.CCR-10-0880; CR2;
• J Biomed Inform; Research electronic data capture (REDCap) - A metadata-driven methodology and workflow process for providing translational research informatics support; PA Harris, R Taylor, R Thielke, J Payne, N Gonzalez, JG Conde; 42; 2; 2009; 377-81; 10.1016/j.jbi.2008.08.010; CR3;
• Clin Trans Med; Biomarkers of early chronic obstructive pulmonary disease (COPD) in smokers and former smokers. Protocol of a longitudinal study; T Mikael, M Johan, K Barbara Sahlin, B May, W Elisabet, D Magnus, A Roger, TE Fehniger, M-V György; 5; 2016; 9; 10.1186/s40169-016-0086-5; CR4;
• J Proteomics; Biobanking work flow standardization-developments providing sample integrity; J Malm, TE Fehniger, P Danmyr, A Végvári, C Welinder, H Lindberg; 95; 2013; 38-45; 10.1016/j.jprot.2013.06.035; CR5;

タイトルに関連する用語 (10件)： 臨床化学 ,  バイオマーカー ,  COPD ,  データベース ,  併合 ,  プロテオミクス ,  研究 ,  臨床 ,  インフラストラクチャー ,  構築