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J-GLOBAL ID：201802261031436314   整理番号：18A1296554

トランスクリプトームとプロテオームの異なる統合は汎癌予後バイオマーカーを同定する【JST・京大機械翻訳】

Differential Integration of Transcriptome and Proteome Identifies Pan-Cancer Prognostic Biomarkers

著者 (9件)： Schwartz Gregory W. (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Schwartz Gregory W. (Abramson Family Cancer Research Institute, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Petrovic Jelena (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Petrovic Jelena (Abramson Family Cancer Research Institute, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Zhou Yeqiao (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Zhou Yeqiao (Abramson Family Cancer Research Institute, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Faryabi Robert B. (Department of Pathology and Laboratory Medicine, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Faryabi Robert B. (Abramson Family Cancer Research Institute, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania) ,  Faryabi Robert B. (Institute for Biomedical Informatics, Perelman School of Medicine at the University of Pennsylvania)
資料名： Frontiers in Genetics (Web)  (Frontiers in Genetics (Web))
巻： 9  ページ： 205  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7071A  ISSN： 1664-8021  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： トランスクリプトームとプロテオームのハイスループット分析を用いて,癌における複雑な発癌過程を調べた。しかし,これらの相補的ではあるが,部分的に異なるデータ源を組み合わせて,腫瘍特異的遺伝子プログラムと臨床的バイオマーカーを正確に同定することが重要な課題である。ここでは,高スループット測定のロバストで拡張可能な微分統合のための統合GREATを紹介した。内部GREATを用いて,各データ源を共発現ネットワークとして表現し,ネットワーク内の各ノードの局所的および全体的構造を特性化した。内部GREATスコアは,トランスクリプトームおよびプロテオームネットワークの両方における各遺伝子のトポロジーが腫瘍タイプ内で保存されているが,他の正常または悪性細胞とは異なっている。著者らは,いくつかの分析に基づいて,統合した合成ネットワーク,既知の診断バイオマーカーを発見し,腫瘍系統間の関係を確立し,実験的に検証した推定予後バイオマーカーを明らかにすることに基づいて,統合GREATの高性能を実証した。さらに,腫瘍系統の類似性を定量的に記述するために,集塊測度の応用を紹介した。まとめると,内部GREATは癌におけるトランスクリプトームとプロテオミックデータ源の統合から機能的および臨床的洞察を推論するだけでなく,他の不均一ハイスループットデータソースにも容易に適用できる。intGREATはオープンソースであり,https:/github.com/faryabis/integREATからダウンロードすることができる。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 類似性 ,  ネットワーク ,  腫瘍 ,  *トランスクリプトーム ,  遺伝子 ,  発癌 ,  ロバスト性 ,  *バイオマーカー ,  *プロテオーム ,  位相幾何学 ,  測度 ,  キャラクタリゼーション
準シソーラス用語： オープンソース ,  共発現 ,  ハイスループット , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： データ統合 ,  ネットワーク解析 ,  プロテオミクス ,  トランスクリプトーム ,  癌生物学

分類 (3件)： 遺伝学研究法  (EC01020N) ,  腫ようの診断  (GE03020J) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (7件)： トランスクリプトーム ,  プロテオーム ,  統合 ,  癌 ,  予後 ,  バイオマーカー ,  同定