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J-GLOBAL ID：201802261340298620   整理番号：18A0966119

PDIファミリー遺伝子のゲノムワイド特性化および発現プロファイリングはハクサイ(Brassica rapa Ssp. pekinensis)における非生物的および生物的ストレス耐性として機能を明らかにする【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide characterization and expression profiling of PDI family gene reveals function as abiotic and biotic stress tolerance in Chinese cabbage ( Brassica rapa ssp . pekinensis )

著者 (7件)： Kayum Md. Abdul (Department of Horticulture, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea) ,  Park Jong-In (Department of Horticulture, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea) ,  Nath Ujjal Kumar (Department of Horticulture, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea) ,  Saha Gopal (Department of Horticulture, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea) ,  Biswas Manosh Kumar (Department of Horticulture, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea) ,  Kim Hoy-Taek (University-Industry Cooperation Foundation, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea) ,  Nou Ill-Sup (Department of Horticulture, Sunchon National University, Suncheon, Republic of Korea)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 885  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質ジスルフィドイソメラーゼ(PDI)及びPDI様蛋白質は,蛋白質ジスルフィド結合を触媒するチオレドキシンドメインを含み,ミスフォールド蛋白質の凝集を阻害し,非生物ストレス時の小胞体及び応答における蛋白質折畳み時の異性化において機能する。ハクサイは経済的に重要な栄養野菜として広く認識されているが,その収率は様々な生物的および非生物的ストレスにより厳しく妨げられている。そのため,生物的および非生物的ストレス耐性に関与する遺伝子を同定する必要がある。PDIファミリー遺伝子はそれらの間にある。著者らは,Br135Kマイクロアレイデータセット,NCBIおよびbradデータベースから32のPDI遺伝子を同定し,in silicoでそれらの配列を特性化した。これらの遺伝子の発現プロファイリングを,非生物的ストレスに課された植物試料のcDNAを用いて行った。寒冷,塩,干ばつおよびABA(アブシシン酸)および生物ストレス;Fusarium oxysporum f. sp. conglutinis感染。ハクサイPDI遺伝子は系統発生において11のグループにクラスター化された。それらの間で,15のPDI遺伝子は様々な器官で普遍的に発現され,一方,24のPDI遺伝子は塩と乾燥ストレスの下で上方制御された。対照的に,寒冷およびABAストレス応答遺伝子数は,それぞれ10および9であった。F.oxysporumの場合,14のBrPDI遺伝子は高度にアップレギュレートされた。興味あることに,BrPDI1-1遺伝子は非生物的(塩および干ばつ)および生物ストレスに対する推定候補として同定され,ABAストレスに対するBrPDI5-2遺伝子およびBrPDI1-4,6-1および9-2は低温および低温損傷ストレスの両方に対する推定候補遺伝子であった。著者らの知見は,ストレス応答におけるPDI遺伝子の関与を解明するのに役立ち,それらはBrassica rapa作物の将来の研究と分子育種における機能的ゲノミクスの基礎を築く。ストレス応答性PDI遺伝子は,生物的および非生物的ストレスに抵抗性のアブラナ属作物の分子育種のための潜在的資源である可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 遺伝子発現 ,  小胞体 ,  系統発生 ,  タンパク質 ,  分子進化 ,  *ハクサイ ,  cDNA ,  低温 ,  *キャラクタリゼーション ,  *遺伝子 ,  データベース ,  アップレギュレーション
準シソーラス用語： ストレス応答 ,  非生物的ストレス ,  *生物的ストレス , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： PDI ,  ハクサイ ,  遺伝子発現 ,  遺伝子進化 ,  生物的および非生物的ストレス

分類 (2件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (51件)：

• FEBS Lett; Protein disulfide isomerase mutant lacking its isomerase activity accelerates folding in the cell; T Hayano, M Hirose, M Kikuchi; 377; 1995; 505-511; 10.1016/0014-5793(95)01410-1; citation_id=CR1
• Biochim Biophys Acta; The enzymatic reactivation of reduced ribonuclease; P Venetianer, FB Straub; 67; 1963; 166-168; 10.1016/0926-6569(63)90223-2; citation_id=CR2
• Science; Principles that govern the folding of protein chains; C Anfinsen; 181; 1973; 223-230; 10.1126/science.181.4096.223; citation_id=CR3
• FEBS J; Substrate recognition by the protein disulfide isomerases; F Hatahet, LW Ruddock; 274; 20; 2007; 5223-5234; 10.1111/j.1742-4658.2007.06058.x; citation_id=CR4
• Trends Biochem Sci; Protein disulfide isomerase: the structure of oxidative folding; CW Gruber, M Cemažar, B Heras, JL Martin, DJ Craik; 31; 2006; 455-464; 10.1016/j.tibs.2006.06.001; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (10件)： ファミリー ,  遺伝子 ,  ゲノム ,  特性化 ,  発現 ,  プロファイリング ,  ハクサイ ,  Brassica ,  生物的ストレス ,  耐性