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J-GLOBAL ID：201802262303069884   整理番号：18A1154538

ミクロビオーム配列決定からのオーソロガス遺伝子ファミリーの迅速かつ単純な蛋白質整列誘導集合【JST・京大機械翻訳】

Fast and simple protein-alignment-guided assembly of orthologous gene families from microbiome sequencing reads

著者 (9件)： Huson Daniel H. (Center for Bioinformatics, University of Tuebingen, Tuebingen, Germany) ,  Huson Daniel H. (Life Sciences Institute, National University of Singapore, Singapore, Singapore) ,  Tappu Rewati (Center for Bioinformatics, University of Tuebingen, Tuebingen, Germany) ,  Bazinet Adam L (Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, USA) ,  Bazinet Adam L (National Biodefense Analysis and Countermeasures Center, Frederick, USA) ,  Xie Chao (Human Longevity Inc., Singapore, Singapore) ,  Cummings Michael P. (Center for Bioinformatics and Computational Biology, University of Maryland, College Park, USA) ,  Nieselt Kay (Center for Bioinformatics, University of Tuebingen, Tuebingen, Germany) ,  Williams Rohan (Life Sciences Institute, National University of Singapore, Singapore, Singapore)
資料名： Microbiome (Web)  (Microbiome (Web))
巻： 5  号： 1  ページ： 11  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7333A  ISSN： 2049-2618  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】微生物配列決定プロジェクトは,典型的にサンプル当たり数百万の短い読み取りを集める。プロジェクトの目標に依存して,短い読み取りは直接シーケンス分析にかけることができるか,またはより長いコンティグに組み立てることができる。メタゲノム配列決定からの全ゲノムの集合は非常に困難な問題である。しかし,いくつかの疑問に対して,関心のある特定の遺伝子のみを組み立てる必要がある。これは,それから,目的がオーソログ遺伝子のファミリーに対するコンティグに組み込まれることを目的とする遺伝子中心集合である。【方法】著者らは,蛋白質配列誘導集合と呼ばれる遺伝子中心集合を実行するための新しい方法を提示して,著者らのメタゲノム解析ツールMEGANにおける実用化を提供した。NCBI-nrのような蛋白質参照データベースに対する全ての読み取りのアラインメントに基づいて,遺伝子をハエ上に集合させた。具体的には,ユーザはKEGGのような分類に基づいて遺伝子ファミリーを選択し,その遺伝子ファミリーに結合されたすべての読み取りを組み立てる。【結果】公表された合成コミュニティメタゲノム配列決定と41の遺伝子ファミリーのセットを用いて,このアプローチの性能は,検出された参照遺伝子の数とカバーされた参照配列の割合の両方に関して,完全に特性化された集合体と最近発表されたHMMベースの遺伝子中心アセンブラの性能と比較することを示した。【結論】オーソログ遺伝子ファミリーの蛋白質配列誘導集合は,新しい非常に有用な方法で全メタゲノム集合を補完する。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： アセンブラ ,  *タンパク質 ,  ゲノム ,  キャラクタリゼーション ,  微生物 ,  *アラインメント ,  データベース ,  機能分析 ,  アミノ酸配列 ,  *遺伝子
準シソーラス用語： *遺伝子ファミリー ,  KEGG ,  メタゲノム ,  コンティグ ,  *常在菌叢ゲノム , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 配列組立 ,  ストリンググラフ ,  機能分析 ,  ソフトウェア

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (20件)：

• Nucleic Acids Res; Database resources of the National Center for Biotechnology Information; DL Wheeler, B Tanya, DA Benson, SH Bryant, C Kathi, C Vyacheslav, DM Church, D Michael, E Ron, F Scott, F Michael, LY Geer, H Wolfgang, K Yuri, K Oleg, L David, DJ Lipman, TL Madden, DR Maglott, M Vadim, O James, KD Pruitt, GD Schuler, M Shumway, E Sequeira, ST Sherry, K Sirotkin, A Souvorov, G Starchenko, RL Tatusov, TA Tatusova, L Wagner, E Yaschenko; 36; 2008; D13-D21; 10.1093/nar/gkm1000; CR1;
• Nat Methods; Fast and sensitive protein alignment using DIAMOND; B Buchfink, C Xie, DH Huson; 12; 2015; 59-60; 10.1038/nmeth.3176; CR2;
• Nucleic Acids Res; KEGG: Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes; M Kanehisa, S Goto; 28; 1; 2000; 27-30; 10.1093/nar/28.1.27; CR3;
• Nucleic Acids Res; The InterPro protein families database: the classification resource after 15 years; A Mitchell, H-Y Chang, L Daugherty, M Fraser, S Hunter, R Lopez, C McAnulla, C McMenamin, G Nuka, S Pesseat, A Sangrador-Vegas, M Scheremetjew, C Rato, SY Yong, A Bateman, M Punta, TK Attwood, CJA Sigrist, N Redaschi, C Rivoire, L Xenarios, D Kahn, D Guyot, P Bork, I Letunic, J Gough, M Oates, D Haft, H Huang, DA Natale, CH Wu, C Orengo, I Sillitoe, M Huaiyu, PD Thomas, RD Finn; 43(D1); 2015; D213-D221; 10.1093/nar/gku1243; CR4;
• PLoS Comput Biol; MEGAN Community Edition-interactive exploration and analysis of large-scale microbiome sequencing data; DH Huson, S Beier, I Flade, A Górska, M El-Hadidi, S Mitra, HJ Ruscheweyh, T Rewati; 12; 6; 2016; e1004957; 10.1371/journal.pcbi.1004957; CR5;

タイトルに関連する用語 (7件)： ミクロビオーム ,  オーソロガス遺伝子 ,  ファミリー ,  蛋白質 ,  整列 ,  誘導 ,  集合