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J-GLOBAL ID：201802262324070556   整理番号：18A1071923

遺伝子調節ネットワークのMarkov状態モデル【JST・京大機械翻訳】

Markov State Models of gene regulatory networks

著者 (5件)： Chu Brian K. (Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of California Irvine, Irvine, USA) ,  Tse Margaret J. (Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of California Irvine, Irvine, USA) ,  Sato Royce R. (Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of California Irvine, Irvine, USA) ,  Read Elizabeth L. (Department of Chemical Engineering and Materials Science, University of California Irvine, Irvine, USA) ,  Read Elizabeth L. (Department of Molecular Biology and Biochemistry, University of California Irvine, Irvine, USA)
資料名： BMC Systems Biology (Web)  (BMC Systems Biology (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 14  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7370A  ISSN： 1752-0509  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:多重安定状態により特徴付けられる動力学を有する遺伝子調節ネットワークは,細胞運命決定の基礎となる。ネットワークダイナミクスの全体的理解に対する遺伝子調節の分子レベル知識をリンクできる定量的モデルは,細胞再プログラミング戦略を誘導する可能性を有する。ネットワークは確率的化学マスター方程式によってしばしばモデル化されるが,グローバルダイナミクスの鍵となる特性の系統的な同定のための方法は現在不足している。【結果】この方法は,一般的な遺伝子調節ネットワークモデルのセットのための長寿命状態の数,表現型,および寿命を同定する。構築されたMarkov状態モデルへの遷移経路理論の適用は,大域的動力学を支配的な遷移経路の集合と確率的状態スイッチングのための関連相対確率に分解する。結論:この概念実証研究において,Markov状態モデルは,遺伝子ネットワークにおける確率的多安定性と状態遷移を分析し可視化するための一般的枠組みを提供することを見出した。著者らの結果は,原子論的分子動力学の分野から採用されたこの枠組みが,ネットワークスケールでの定量的システム生物学のための有用なツールであることを示唆する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 多重安定性 ,  *ネットワーク ,  スイッチング ,  マスタ方程式 ,  表現型 ,  分子動力学 ,  可視化 ,  多重化 ,  モデリング ,  *遺伝的調節
準シソーラス用語： システム生物学 ,  状態遷移 ,  遺伝子ネットワーク ,  リプログラミング ,  *遺伝子調節ネットワーク , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 多重安定システム ,  確率過程 ,  遺伝子調節ネットワーク ,  Markov状態モデル ,  クラスタ分析

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (89件)：

• Genetics; Stochastic kinetic analysis of developmental pathway bifurcation in phage lambda-infected Escherichia coli cells; A Arkin, J Ross, HH McAdams; 149; 4; 1998; 1633-48; CR1;
• Nature; A positive-feedback-based bistable ‘memory module’ that governs a cell fate decision; W Xiong, JE Ferrell; 426; 6965; 2003; 460-5; 10.1038/nature02089; CR2;
• Trends Genet; Understanding gene circuits at cell-fate branch points for rational cell reprogramming; JX Zhou, S Huang; 27; 2; 2011; 55-62; 10.1016/j.tig.2010.11.002; CR3;
• J Phys Chem B; Tristability in Cancer-Associated MicroRNA-TF Chimera Toggle Switch; M Lu, MK Jolly, R Gomoto, B Huang, J Onuchic, E Ben-Jacob; 117; 42; 2013; 13164-74; 10.1021/jp403156m; CR4;
• Sci Rep; A new mechanism of stem cell differentiation through slow binding/unbinding of regulators to genes; H Feng, J Wang; 2; 2012; 550; CR5;

タイトルに関連する用語 (1件)： 遺伝子調節ネットワーク