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J-GLOBAL ID：201802262867160940   整理番号：18A0923538

Kemptide由来の蛋白質キナーゼPKAとホモアルギニン含有ペプチド間の親和性の研究:自由エネルギー摂動(FEP)計算【JST・京大機械翻訳】

Study of the affinity between the protein kinase PKA and homoarginine-containing peptides derived from kemptide: Free energy perturbation (FEP) calculations

著者 (6件)： Mena-Ulecia Karel (Departamento de Ciencias Quimicas, Facultad de Ciencias Exactas, Avenida Republica #275, Universidad Andres Bello, Santiago de Chile, Chile) ,  Gonzalez-Norambuena Fabian (Centro de Bioinformatica y Simulacion Molecular, Facultad de Ingenieria, Universidad de Talca, 2 Norte 685, Casilla 721, Talca, Chile) ,  Vergara-Jaque Ariela (Centro de Bioinformatica y Simulacion Molecular, Facultad de Ingenieria, Universidad de Talca, 2 Norte 685, Casilla 721, Talca, Chile) ,  Poblete Horacio (Centro de Bioinformatica y Simulacion Molecular, Facultad de Ingenieria, Universidad de Talca, 2 Norte 685, Casilla 721, Talca, Chile) ,  Tiznado William (Departamento de Ciencias Quimicas, Facultad de Ciencias Exactas, Avenida Republica #275, Universidad Andres Bello, Santiago de Chile, Chile) ,  Caballero Julio (Centro de Bioinformatica y Simulacion Molecular, Facultad de Ingenieria, Universidad de Talca, 2 Norte 685, Casilla 721, Talca, Chile)
資料名： Journal of Computational Chemistry  (Journal of Computational Chemistry)
巻： 39  号： 16  ページ： 986-992  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0111B  ISSN： 0192-8651  CODEN： JCCHDD  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質キナーゼ(PKs)は,セリン,スレオニンおよび/またはチロシン残基を含む密接に関連した配列を識別する。このような特異性はりん酸化残基を囲むアミノ酸配列により定義され,各PKに対する最適認識モチーフ(ORM)を同定することが可能である。PKファミリーの良く知られたメンバーである蛋白質キナーゼA(PKA)のORMは,3位と2位のアルギニンがプライム化リン酸化部位に関して重要な役割を果たす配列RRX(S/T)Xである。本研究では,ペプチド基質ケンプチド(LRRASLG)に対するPKAの異なる親和性および非天然ペプチドホモアルギニンによりアルギニン残基を置換する変異体を,分子動力学(MD)および自由エネルギー摂動(FEP)計算により評価した。ホモアルギニン突然変異体に対するFEP研究では,この論文で用いられているCHARMM「アルギニンのホモアルギニン」(R2B)ハイブリッドトポロジーファイルについても同様のプロトコルを用いて検討し,ホモアルギニン変異体に対するΔΔG_S→ES値を1kcal/mol以下と予測した。加えて,FEPは,すべての研究された突然変異がPKAに対するケンプチドの触媒効率を低下させることを正しく予測した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *親和性 ,  基質 ,  リン酸化 ,  突然変異 ,  *自由エネルギー ,  分子動力学 ,  *摂動 ,  *ペプチド ,  アミノ酸配列 ,  アミノ酸 ,  脂肪族アミン ,  脂肪族カルボン酸 ,  第一アミン ,  脂肪族アルコール ,  アミノアルコール ,  ヒドロキシ酸
準シソーラス用語： *キナーゼ ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： PKA ,  cAMP依存性キナーゼ ,  自由エネルギー摂動 ,  非天然アミノ酸モデリング ,  ホモアルギニン ,  蛋白質キナーゼ

分類 (3件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  溶液論一般  (CB05010Z) ,  分子化合物  (CE02000C)

物質索引 (4件)： ケンプチド ,  アルギニン ,  セリン ,  ホモアルギニン

タイトルに関連する用語 (10件)： 蛋白質キナーゼ ,  PKA ,  ホモアルギニン ,  ペプチド ,  親和性 ,  研究 ,  自由エネルギー ,  摂動 ,  FEP ,  計算