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J-GLOBAL ID：201802263299427657   整理番号：18A0268493

RNA結合蛋白質の結合部位のトランスクリプトームワイドな同定のためのPAR-CLIPの最適化【Powered by NICT】

Optimization of PAR-CLIP for transcriptome-wide identification of binding sites of RNA-binding proteins

著者 (5件)： Garzia Aitor (Laboratory of RNA Molecular Biology, Howard Hughes Medical Institute, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, New York, NY 10065, USA) ,  Meyer Cindy (Laboratory of RNA Molecular Biology, Howard Hughes Medical Institute, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, New York, NY 10065, USA) ,  Morozov Pavel (Laboratory of RNA Molecular Biology, Howard Hughes Medical Institute, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, New York, NY 10065, USA) ,  Sajek Marcin (Laboratory of RNA Molecular Biology, Howard Hughes Medical Institute, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, New York, NY 10065, USA) ,  Tuschl Thomas (Laboratory of RNA Molecular Biology, Howard Hughes Medical Institute, The Rockefeller University, 1230 York Avenue, New York, NY 10065, USA)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 118-119  ページ： 24-40  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 次世代シークエンシングと併用した光活性化可能なリボヌクレオシド強化された橋かけと免疫沈降(PAR CLIP)はRNA結合蛋白質(RBP)の内因性標的を同定するための強力な方法である。各RBPの特性に依存して,PAR-CLIP法の鍵となったのは最適化しなければならない。ここでは,重要な段階の詳細な説明と包括的段階的PAR-CLIPプロトコルを提案した。さらに,細胞RNAの異なる注釈カテゴリーを標的とする三種類のRBPへの新しいPAR-CLIPデータ解析パイプラインの適用を報告する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  データ解析 ,  プロトコル ,  免疫沈降反応 ,  *結合部位 ,  *RNA結合タンパク質 ,  リボヌクレオシド ,  *最適化 ,  *タンパク質 ,  アノテーション
準シソーラス用語： 内因性 ,  光活性化 ,  次世代シークエンシング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 次世代シークエンシング ,  UV RNA-蛋白質橋かけ ,  リボ核蛋白質解析 ,  光橋かけ

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (7件)： RNA結合蛋白質 ,  結合部位 ,  トランスクリプトーム ,  同定 ,  PAR ,  CLIP ,  最適化