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J-GLOBAL ID：201802263395635357   整理番号：18A0407019

混合腫瘍試料からの完全系統発生を見つけるための計算量とアルゴリズム【Powered by NICT】

Complexity and Algorithms for Finding a Perfect Phylogeny from Mixed Tumor Samples

著者 (5件)： Hujdurovic Ademir (UP IAM and UP FAMNIT, University of Primorska, Koper, Slovenia) ,  Kacar Ursa (Celtra Inc., Ljubljana, Slovenia) ,  Milanic Martin (UP IAM and UP FAMNIT, University of Primorska, Koper, Slovenia) ,  Ries Bernard (Department of Informatics, Decision Support and Operations Research Group, University of Fribourg, Fribourg, Switzerland) ,  Tomescu Alexandru I. (Department of Computer Science, Helsinki Institute for Information Technology HIIT, University of Helsinki, Helsinki, Finland)
資料名： IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics  (IEEE/ACM Transactions on Computational Biology and Bioinformatics)
巻： 15  号： 1  ページ： 96-108  発行年： 2018年 
JST資料番号： W1409A  ISSN： 1545-5963  CODEN： ITCBCY  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HajirasoulihaとRaphael(WABI 2014)は,ハイスループットシークエンシングリードの収集から測定されたデコンボリューション混合腫瘍試料のためのモデルを提案した。これは腫瘍進展と臨界癌変異の理解に関連している。要するに,その定式化は2値行列の各列を分割する求め得られたマトリックスは完全系統発生に対応し,この性質とすべてのマトリックス間の列の最小数を持っている。本論文では,この問題に関するいくつかの主張,のNP困難性の証明を含む反証。しかし,問題がNP困難である,異なる証明を提供することにより,であることを示した。も同じ論文で提案したこの問題の変異体のNP完全性を証明した。積極的面として,筆者らは着色共互換性グラフに基づく効率的な(必ずしも最適ではないが)発見的アルゴリズム,カラムは対相反するカラムの両方のカラムには含まれていないマトリックスインスタンス上で,最適問題を解くための多項式時間アルゴリズムを提案した。これらアルゴリズムの実装であるhttps://github.com/alexandrutomescu/MixedPerfectPhylogenyで自由に利用できる。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【Powered by NICT】

シソーラス用語： 着色 ,  デコンボリューション ,  *アルゴリズム ,  変異 ,  *腫瘍 ,  NP困難 ,  定式化 ,  臨界 ,  *計算量 ,  *系統発生 ,  互換性 ,  *混合腫瘍
準シソーラス用語： 多項式時間アルゴリズム ,  発見的アルゴリズム ,  NP完全性 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 信号理論  (ND02020G) ,  移動通信  (ND08030H)

タイトルに関連する用語 (5件)： 混合腫瘍 ,  試料 ,  系統発生 ,  計算量 ,  アルゴリズム