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J-GLOBAL ID：201802263620381604   整理番号：18A0619378

DNA断片組立問題を解くためのハイブリッドガラス探索アルゴリズム【Powered by NICT】

A hybrid crow search algorithm for solving the DNA fragment assembly problem

著者 (3件)： Allaoui Mohcin (LRIT, Associated Unit to CNRST (URAC 29), Faculty of Science, Mohammed V University in Rabat, Rabat B.P. 1014, Morocco) ,  Ahiod Belaied (LRIT, Associated Unit to CNRST (URAC 29), Faculty of Science, Mohammed V University in Rabat, Rabat B.P. 1014, Morocco) ,  El Yafrani Mohamed (LRIT, Associated Unit to CNRST (URAC 29), Faculty of Science, Mohammed V University in Rabat, Rabat B.P. 1014, Morocco)
資料名： Expert Systems with Applications  (Expert Systems with Applications)
巻： 102  ページ： 44-56  発行年： 2018年 
JST資料番号： W0178A  ISSN： 0957-4174  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： DNAの配列決定はフラグメントアセンブリの段階を介して進行し,この段階DNA断片組立問題(FAP)として知られている。フラグメントアセンブリは,NP困難問題,多項式時間厳密なアプローチ,メタヒューリスティックスが必要である意味しないと考えられている。この問題に取り組むために広く使用されている三つの主要戦略:欲張りグラフベースアルゴリズム,de Bruijnグラフ,及びオーバレイレイアウトコンセンサス(OLC)法を開発した。本論文では,OLCモデルに従ってDNA断片組立問題を解くための新しいカラス探索アルゴリズム(CSA)の適応を提案した。探索プロセスを加速し,解の品質を改善するために,著者らはCSAを組み合わせた局所探索法であった。この組み合わせを用い,試験したDNA断片組立問題の全例のための非常に正確な解を得ることができた。事実,著者らのアルゴリズムは,同じ目的のために設計された全ての他のアルゴリズムより優れていた。筆者らの貢献は30例のうち20の最適解を初めて発見できるDNA断片組立問題のための新しいアセンブラの実現である。離散最適化問題のためのCSAを適応させるために提案した方法は,新規性である。進化的アルゴリズムからの標準演算子を適用することにより元のアルゴリズムの意味論を保持していた。同じ手法を組合せ問題への連続最適化のために設計されたマッピングアルゴリズムと比較してよりアクセス可能でより効率的な離散問題のための新しいアルゴリズムを適用することができた。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： アセンブラ ,  近傍探索法 ,  グラフ ,  *アルゴリズム ,  *DNA【核酸】 ,  組合せ問題 ,  意味論
準シソーラス用語： 連続最適化 ,  進化的アルゴリズム ,  最適解 ,  メタヒューリスティクス ,  多項式時間 ,  NP困難問題 ,  *探索アルゴリズム ,  *DNA断片 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Crow探索アルゴリズム ,  DNA断片組立 ,  離散最適化 ,  PALS2多く

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子操作  (EC02050B)

タイトルに関連する用語 (4件)： DNA断片 ,  組立 ,  ガラス ,  探索アルゴリズム