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J-GLOBAL ID：201802264515389895   整理番号：18A0970240

SSAG:先進一般アンサンブルシミュレーションのためのソフトウェアスイート【JST・京大機械翻訳】

SSAGES: Software Suite for Advanced General Ensemble Simulations

著者 (22件)： Sidky Hythem (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Notre Dame, Notre Dame, Indiana 46556, USA) ,  Colon Yamil J. (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Helfferich Julian (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Sikora Benjamin J. (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Notre Dame, Notre Dame, Indiana 46556, USA) ,  Bezik Cody (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Chu Weiwei (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Giberti Federico (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Guo Ashley Z. (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Jiang Xikai (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Lequieu Joshua (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Li Jiyuan (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Moller Joshua (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Quevillon Michael J. (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Notre Dame, Notre Dame, Indiana 46556, USA) ,  Rahimi Mohammad (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Ramezani-Dakhel Hadi (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Rathee Vikramjit S. (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Notre Dame, Notre Dame, Indiana 46556, USA) ,  Reid Daniel R. (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Sevgen Emre (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Thapar Vikram (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Webb Michael A. (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA) ,  Whitmer Jonathan K. (Department of Chemical and Biomolecular Engineering, University of Notre Dame, Notre Dame, Indiana 46556, USA) ,  de Pablo Juan J. (Institute for Molecular Engineering, University of Chicago, Chicago, Illinois 60637, USA)
資料名： Journal of Chemical Physics  (Journal of Chemical Physics)
巻： 148  号： 4  ページ： 044104-044104-10  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0275A  ISSN： 0021-9606  CODEN： JCPSA6  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 分子シミュレーションは,現代の研究のための不可欠なツールとして出現したが,適切な結果を得て,シミュレーションから信頼できる結論を得ることは,考慮に基づきシステムの適切なサンプリングを必要とした。この目的のために,種々の方法が,サンプリングを大幅に強化することができる文献に存在し,ますます洗練されている,効果的なアルゴリズムが急速なペースで開発され続けている。しかし,これらの技術の実装は専門家と非専門家のために挑戦的である。迅速で信頼性があり,広範囲の高度サンプリング法に容易にアクセスできるソフトウェアに対する明確な必要性があり,それらが出現するにつれて新しい技術の実装を容易にする。ここでは,複数の広く使われている分子動力学シミュレーションパッケージとインタフェイスするために設計された先進的な一般的アンサンブルシミュレーションのための公的に利用可能なソフトウェアSuite,SSAGESを提示した。SSAGESは,全原子および粗粒シミュレーションから意味のある自由エネルギーおよび遷移経路データを抽出する適応バイアス力,ストリング法,および順方向磁束サンプリングを含む種々の強化サンプリング技術の容易な応用を可能にする。SSAGESの注目すべき特徴は,新しい方法と集団変数のさらなる開発と実装を容易にするユーザに優しいフレームワークである。本研究では,SSAGESの使用を,明確な方法を含む単純な代表的応用と,現在の一式の放出で利用可能な集団的変数の文脈で説明した。コードは以下の通りである:https:/github.com/MICCoM/SSAGES-公共。(翻訳著者抄録)【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 高速度 ,  インタフェイス ,  *ソフトウェア ,  信頼性 ,  バイアス ,  磁束 ,  アルゴリズム ,  自由エネルギー ,  計算機シミュレーション ,  *シミュレーション
準シソーラス用語： 粗粒子 ,  分子動力学シミュレーション ,  分子シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 分子の電子構造  (BH05010Q) ,  溶液論一般  (CB05010Z)

タイトルに関連する用語 (1件)： アンサンブルシミュレーション