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J-GLOBAL ID：201802264881112811   整理番号：18A1772237

酵母における蛋白質相互作用と遺伝子発現データセットを用いた重複蛋白質複合体の検出のための改良プロランクアルゴリズム【JST・京大機械翻訳】

An Improved Prorank Algorithm for Detection of Overlapping Protein Complexes using Protein Interaction and Gene Expression Datasets in Yeast

著者 (2件)： Manikandan P. (Department of Computer Science, Bharathiar University, Tamilnadu, India) ,  Ramyachitra D. (Department of Computer Science, Bharathiar University, Tamilnadu, India)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2018  号： ICIS  ページ： 110-115  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 蛋白質複合体の検出は様々な生物学的目的を保持するのに重要な役割を果たし,蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)のネットワークからの経路の学習に適用できる。蛋白質複合体を予測するための計算技術の増加量は,大量の蛋白質相互作用データセットを生成する高スループット実験技術により動機付けられてきた。ハイスループット技術から,PPIデータを集め,データセットは雑音を含む。相互作用データセットに関するクラスタリングアルゴリズムは,信頼できる予測結果を達成するために通常十分でない。可能な方法は,ドメイン-ドメイン相互作用(DDI)と蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)を利用することによって,蛋白質複合体検出の精度を強化することである。本研究では,重複蛋白質複合体を検出するための改良ProRankアルゴリズムを開発した。ラフ集合ファジィアルゴリズムを,重複する蛋白質複合体を見つけるためにランキング段階の背後にあるProRankアルゴリズムと統合した。改良ProRank,ProRank,CAMWI及びPEWCCのような既存のアルゴリズムを異なるデータセット,すなわち蛋白質-蛋白質相互作用(PPI)及びGSE3076,GSE16799,GSE19213,PPI-D1,PPI-D2,Gavin及びMIPSのような遺伝子発現について調べた。実験結果は,提案した改良ProRankアルゴリズムが他の技術と比較して優れた結果を持つより複雑なネットワークを予測することを示した。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *アルゴリズム ,  雑音 ,  *相互作用 ,  ネットワーク ,  予測 ,  *酵母 ,  等級づけ ,  曖昧さ ,  *遺伝子発現 ,  *タンパク質複合体 ,  ラフ集合
準シソーラス用語： Ran GTP結合蛋白質 ,  *蛋白質間相互作用 ,  ハイスループット ,  クラスタリングアルゴリズム , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 図形・画像処理一般  (JE04010I)

タイトルに関連する用語 (5件)： 酵母 ,  蛋白質相互作用 ,  遺伝子発現データ ,  蛋白質複合体 ,  アルゴリズム