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J-GLOBAL ID：201802266213931046   整理番号：18A1114734

ホモ接合性の実行のためのゲノムワイドスキャンはValle del Beliceヒツジにおける局所適応に関連する潜在的候補遺伝子を同定する【JST・京大機械翻訳】

Genome-wide scan for runs of homozygosity identifies potential candidate genes associated with local adaptation in Valle del Belice sheep

著者 (7件)： Mastrangelo Salvatore (Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy) ,  Tolone Marco (Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy) ,  Sardina Maria T. (Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy) ,  Sottile Gianluca (Dipartimento di Scienze Economiche, Aziendali e Statistiche, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy) ,  Sutera Anna M. (Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy) ,  Gerlando Rosalia Di (Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy) ,  Portolano Baldassare (Dipartimento Scienze Agrarie, Alimentari e Forestali, Universita degli Studi di Palermo, Palermo, Italy)
資料名： Genetics Selection Evolution (Web)  (Genetics Selection Evolution (Web))
巻： 49  号： 1  ページ： 84  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7383A  ISSN： 1297-9686  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:非常に多数の単一ヌクレオチド多型(SNP)がゲノム全体を通して利用可能であり,ヘテロ接合性の減少が起こったゲノム領域の検出に特に適しており,それらは近交((F))推定の精度を改善する新しい機会を提供する。ホモ接合性(ROH)の実行は,両親から継承された2つのハプロタイプが同一であるゲノムのホモ接合部分の隣接長である。ここでは,516のValle del Beliceヒツジにおける自己接合性を特性化し,高いROH頻度を持つゲノム領域を同定するために,中密度SNPパネルを用いてROHの発生と分布を調べた。【結果】著者らは11,629のROHを同定し,すべての個体は1Mbより長い少なくとも1つのROHを置いた。1Mbより長いROHから推定した(F)の平均値は0.084±0.061であった。10Mbより短いROHが優勢であった。ROHによるOvis染色体(OAR)の最高および最低被覆率は,それぞれOAR24およびOAR1であった。染色体長当たりのROH数は特異的パターンを示し,最初の3つの染色体に対してより高い値を示した。ROHの数とROHによってカバーされたゲノムの長さは,動物間でかなり変化した。230のSNPを指向性選択下にある候補マーカーとして考え,107の潜在的候補遺伝子を同定した。ROH島に対応する6つの染色体上に位置する6つのゲノム領域が自己接合性のホットスポットとして提示され,それはしばしば培地組換え率の領域と一致した。KEGGデータベースによると,これらの遺伝子の大部分は多様な細胞および生化学的プロセスにおける複数のシグナル伝達およびシグナル伝達経路に関与していた。ゲノムスキャンにより,環境ストレスに応答して選択する候補遺伝子を持つゲノム領域におけるROH島の存在が明らかになり,それは局所適応の根底にある。結論:これらの結果は,自然淘汰が少なくとも部分的に,Valle del Beliceヒツジのゲノムの形成に役割を果たし,ヒツジゲノムにおけるROHが選択下の形質の決定論に関与するゲノム領域の検出に役立つことを示唆する。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ホットスポット ,  同系交配 ,  動物 ,  *ゲノム ,  一塩基多型 ,  *遺伝子 ,  キャラクタリゼーション ,  パネル ,  自然淘汰 ,  データベース ,  ハプロタイプ
準シソーラス用語： *ホモ接合 ,  ヘテロ接合性 ,  *候補遺伝子 ,  *局所適応 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (2件)： 牛  (FD02020Y) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (59件)：

• Livest Sci.; Inbreeding and runs of homozygosity: a possible solution to an old problem; I Curik, M Ferenčaković, J Sölkner; 166; 2014; 26-34; 10.1016/j.livsci.2014.05.034; CR1;
• Genetics; Quantification of inbreeding due to distant ancestors and its detection using dense single nucleotide polymorphism data; MC Keller, PM Visscher, ME Goddard; 189; 2011; 237-249; 10.1534/genetics.111.130922; CR2;
• Trends Genet; Conservation genetics in transition to conservation genomics; NJ Ouborg, C Pertoldi, V Loeschcke, R Bijlsma, PW Hedrick; 26; 2010; 177-187; 10.1016/j.tig.2010.01.001; CR3;
• Hum Mol Genet; Extended tracts of homozygosity in outbred human populations; J Gibson, NE Morton, A Collins; 15; 2006; 789-795; 10.1093/hmg/ddi493; CR4;
• Genet Sel Evol; Identification of genomic regions associated with inbreeding depression in Holstein and Jersey dairy cattle; JE Pryce, M Haile-Mariam, ME Goddard, BJ Hayes; 46; 2014; 71; 10.1186/s12711-014-0071-7; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： ホモ接合性 ,  ヒツジ ,  局所適応 ,  候補遺伝子 ,  同定