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J-GLOBAL ID：201802268099692655   整理番号：18A0236888

一般表現型データと関連するハプロタイプのための家族ベースの試験:FBATハプロタイプアルゴリズムの改善【Powered by NICT】

Family-based tests for associating haplotypes with general phenotype data: Improving the FBAT-haplotype algorithm

著者 (10件)： Hecker Julian (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, Massachusetts, United States of America) ,  Hecker Julian (Department of Genomic Mathematics, University of Bonn, Bonn, Germany) ,  Xu Xin (Nanfang Hospital, Southern Medical University, Guangzhou, China) ,  Townes F. William (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, Massachusetts, United States of America) ,  Loehlein Fier Heide (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, Massachusetts, United States of America) ,  Loehlein Fier Heide (Department of Genomic Mathematics, University of Bonn, Bonn, Germany) ,  Corcoran Chris (Department of Mathematics and Statistics, Utah State University, Logan, UT, USA) ,  Laird Nan (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, Massachusetts, United States of America) ,  Lange Christoph (Department of Biostatistics, Harvard T.H. Chan School of Public Health, Boston, Massachusetts, United States of America) ,  Lange Christoph (Channing Division of Network Medicine, Brigham and Women’s Hospital, Boston, MA, USA)
資料名： Genetic Epidemiology  (Genetic Epidemiology)
巻： 42  号： 1  ページ： 123-126  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2580A  ISSN： 0741-0395  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 家族ベースの関連研究では,ハプロタイプの相は知られていない,ことである,遺伝子型データが与えられた場合のHorvathらはハプロタイプと任意表現型間の関連解析のためのアルゴリズムを提案した。ハプロタイプ分析へのアプローチはTDT/FBATアプローチの元の特徴,すなわち,遺伝的混乱に対して完全なロバスト性と表現型の誤指定(misspecification)を維持する。アルゴリズムはFBATとPBATソフトウェアパッケージで実行した,多数の実質的な原稿に使用されている。ここでは,オリジナルなアプローチを維持するがアプローチの計算負荷を実質的に低減し,条件付き分布に関する貴重な洞察を与えることを元のアルゴリズムの単純化を提案した。修正アルゴリズムを用いて,全ゲノムシークエンシング(WGS)研究への応用が可能になる例えば,スライディングウィンドウアプローチまたは空間クラスタリング手法。両方の親の遺伝子型が失われた場合に修飾が提供する計算負荷の減少は特に劇的な。例えば,ほとんど子孫のみ家族と八変異体と441核家族,APOE遺伝子座でのWGS研究では,実行時間は,改質後に元のアルゴリズムに対して約21時間から0.11秒であった。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： アポE ,  *ハプロタイプ ,  プログラムパッケージ ,  *アルゴリズム ,  遺伝 ,  遺伝子型 ,  ロバスト性 ,  簡素化 ,  カオス ,  *表現型
準シソーラス用語： 実行時間 ,  核家族 ,  計算負荷 ,  ハプロタイプ分析 ,  関連解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 混合 ,  候補領域 ,  FBAT ,  全ゲノム配列決定

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (5件)： 表現型 ,  ハプロタイプ ,  家族 ,  試験 ,  アルゴリズム