3データセットからの結腸癌と関連した遺伝子発現シグネチャーの統合解析【Powered by NICT】

Gao Ping; He Miao; Zhang Chunling; Geng Changhui

文献

J-GLOBAL ID：201802269196527069 整理番号：18A0617585

3データセットからの結腸癌と関連した遺伝子発現シグネチャーの統合解析【Powered by NICT】

Integrated analysis of gene expression signatures associated with colon cancer from three datasets

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資料名：
巻： 654 ページ： 95-102 発行年： 2018年
JST資料番号： E0701B ISSN： 0378-1119 資料種別：逐次刊行物 (A)
記事区分：原著論文発行国：オランダ (NLD) 言語：英語 (EN)

本研究では,結腸癌の病因を解明し,腫瘍発生と関連した遺伝子を同定することを目的とした。三データセット,癌ゲノムアトラスデータポータルからの遺伝子発現オムニバスデータベースおよびRNA-Seq結腸癌データから二(GSE74602とGSE44861)をダウンロードした。これらの三データセットをメタ分析アプローチを利用して分類され,差次的に発現した遺伝子(DEG)は結腸腫瘍試料と隣接正常試料の間で同定した。機能的濃縮分析とその制御因子予測は有意遺伝子に関して行った。さらに,結腸癌に合併した小分子薬物を予測し,予後リスクモデルを構築した。は三つのデータセットにおける癌試料と対照試料との間に251の重複のDEGs(135と116ダウンレギュレート)であった。DEGは主に蛋白質輸送とアポトーシスおよび神経栄養因子シグナル伝達経路に関与していた。全70小分子薬物の結腸癌と関連していると予測した。さらに,miRNA-標的調節ネットワークでは,SLC44A1はHSA miR 183,HSA miR206,HSA miR147に標的化されるが,KLF13はHSA miR182,HSA miR206,HSA miR153により調節される。予後リスクモデルの結果は,四遺伝子(VAMP1,P2RX5,CACNB1,CRY2)は,試料を高および低リスク群にできることを示した。SLC44A1とKLF13は,腫瘍形成およびmiRNA調節による結腸癌の転移に関与している可能性がある。添加では,四遺伝子(VAMP1,P2RX5,CACNB1およびCRY2)発現シグネチャーは,結腸癌における予後的および予測的価値を持つ可能性がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

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著者キーワード (5件)： , , , ,

遺伝的変異 , 遺伝子の構造と化学

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