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J-GLOBAL ID：201802269401255105   整理番号：18A0724602

蛋白質-RNA認識の機構:水和の統計力学に基づく分析【JST・京大機械翻訳】

Mechanism of protein-RNA recognition: analysis based on the statistical mechanics of hydration

著者 (5件)： Hayashi Tomohiko (Institute of Advanced Energy, Kyoto University, Uji, Kyoto 611-0011, Japan. [e-mail]) ,  Matsuda Tomoaki ,  Nagata Takashi ,  Katahira Masato ,  Kinoshita Masahiro
資料名： Physical Chemistry Chemical Physics  (Physical Chemistry Chemical Physics)
巻： 20  号： 14  ページ： 9167-9180  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0271C  ISSN： 1463-9076  CODEN： PPCPFQ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生体分子に対する全原子モデル,水に対する分子モデル,及び現在最も信頼性のある統計力学的方法を用いた事例研究としてRBD1-r(GUAGU)結合を調べた。RBD1は哺乳類Musashi1(Msi1)のRNA結合ドメインの1つであり,r(GUAGU)はMsi1,r(GUAG)の最小認識配列を含む。結合は全系における水の配置エントロピーの大きな利得により駆動されることを示した。それはRBD1とr(GUAGU)に対する適合エントロピー損失の和よりも大きい。結合によるRBD1-r(GUAGU)相互作用エネルギーの減少は,RBD1-水,r(GUAGU)-水および水-水相互作用エネルギーの合計の増加により大きく相殺される。この増加を「エネルギー脱水」と呼ぶ。減少はvan der Waals成分に対する増加よりも大きいが,静電成分に対しては逆である。正電荷を持つ側鎖を有する蛋白質残基が蛋白質-RNA結合界面内にしばしば出現するという経験的に知られている事実に対する新しい理由を示し,一般的な蛋白質-RNA結合機構の物理的描像を提示した。十分大きい水-エントロピー利得を達成するために,原子レベルでの形状相補性を,基本モチーフとして平坦部分(蛋白質の芳香環とRNAの核酸塩基)の積層とサンドイッチを利用することにより構築する必要がある。静電エネルギー脱水を補償するために,電荷相補性は結合界面内で重要になる。RNA認識モチーフ(RRM)が最も普遍的なRNA結合ドメインである理由を論じた。Copyright 2018 Royal Society of Chemistry All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *RNA【核酸】 ,  *統計力学 ,  エントロピー ,  *タンパク質 ,  *水和 ,  相補性 ,  信頼性 ,  電荷 ,  脱水 ,  側鎖 ,  分子モデル ,  結合部位 ,  核酸塩基
準シソーラス用語： 相互作用エネルギー ,  生体分子 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (4件)： 溶液論一般  (CB05010Z) ,  分子間相互作用  (BH07020P) ,  核酸一般  (EB04010U) ,  電解質水溶液  (CB05020K)

タイトルに関連する用語 (5件)： 蛋白質 ,  RNA ,  水和 ,  統計力学 ,  分析