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J-GLOBAL ID：201802269933790431   整理番号：18A0378740

6-クロロ-5-イソプロピルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン,生物活性剤への潜在的前駆体の分子立体配座解析,反応性,振動スペクトル解析と分子動力学とドッキング研究【Powered by NICT】

Molecular conformational analysis, reactivity, vibrational spectral analysis and molecular dynamics and docking studies of 6-chloro-5-isopropylpyrimidine-2,4(1H,3H)-dione, a potential precursor to bioactive agent

著者 (9件)： Al-Omary Fatmah A.M. (Department of Pharmaceutical Chemistry, College of Pharmacy, King Saud University, Riyadh, 11451, Saudi Arabia) ,  Mary Y. Sheena (Department of Physics, Fatima Mata National College, Kollam, Kerala, India) ,  Beegum Shargina (Department of Physics, Fatima Mata National College, Kollam, Kerala, India) ,  Panicker C. Yohannan (Department of Physics, Fatima Mata National College, Kollam, Kerala, India) ,  Al-Shehri Mona M. (Department of Pharmaceutical Chemistry, College of Pharmacy, King Saud University, Riyadh, 11451, Saudi Arabia) ,  El-Emam Ali A. (Department of Pharmaceutical Chemistry, College of Pharmacy, King Saud University, Riyadh, 11451, Saudi Arabia) ,  Armakovic Stevan (University of Novi Sad, Faculty of Sciences, Department of Physics, Trg D. Obradovica 4, 21000, Novi Sad, Serbia) ,  Armakovic Sanja J. (University of Novi Sad, Faculty of Sciences, Department of Chemistry, Biochemistry and Environmental Protection, Trg D. Obradovica 3, 21000, Novi Sad, Serbia) ,  Van Alsenoy C. (Department of Chemistry, University of Antwerp, Groenenborgerlaan 171, B-2020, Antwerp, Belgium)
資料名： Journal of Molecular Structure  (Journal of Molecular Structure)
巻： 1127  ページ： 427-436  発行年： 2017年 
JST資料番号： B0948B  ISSN： 0022-2860  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 6-クロロ-5-イソプロピルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンのFT-IRおよびFT-Ramanスペクトルを記録し,分析した。振動波数をDFT量子化学計算を用いて計算し,波数計算から得られたデータを用いて,実験的に得られたバンドを帰属した。ポテンシャルエネルギー分布はGAR2PEDソフトウェアを用いて行った。標題化合物の幾何学的パラメータはXRDの結果と一致した。NBO解析,フロンティア分子軌道と第一及び第二超分極率および分子静電ポテンシャル結果も報告した。標題化合物の可能な求電子攻撃部位はMEP表面プロット研究を用いて同定した。求電子攻撃しやすい分子サイトが平均局所イオン化エネルギー面を用いて同定したが,標題分子の局所反応性特性へのさらなる洞察は,Fukui関数の計算により得られた。分子内非共有結合相互作用を検出し,可視化した。自動酸化と加水分解に基づく分解特性は結合解離エネルギーと動径分布関数の計算により調べた。分子ドッキング研究から,配位子は弱い非共有結合性相互作用による基質の活性部位で結合し,アミノ酸Leu89はCH_3基を有するアルキル相互作用を形成し,Glu90アミノ酸はピリミジン環を有するπ-アニオン相互作用を形成し,Thr369とSer366アミノ酸はCOとNH基と水素結合相互作用を形成した。立体配座解析から,計算した構造は最も安定な形におけるC_6C_9C_10角がC_8C_9C_10角,(CH_3)2HC部分間のより高い反発力を,酸素原子と比較して塩素のサイズにより,塩素原子を示しと比較して約8°小さいことを示した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： アニオン ,  *ドッキング ,  相互作用 ,  ポテンシャルエネルギー ,  水素結合 ,  解離エネルギー ,  塩素 ,  X線回折 ,  *立体配座 ,  動径分布関数 ,  *反応性 ,  窒素複素環化合物
準シソーラス用語： *立体配座解析 ,  非共有結合 ,  量子化学計算 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： DFT ,  ピリミジン ,  ALIE ,  RDF ,  分子動力学 ,  分子ドッキング

分類 (5件)： 分子の幾何学的構造一般  (BH05021S) ,  分子の電子構造  (BH05010Q) ,  原子・分子のクラスタ  (BH09030O) ,  その他の中枢神経系作用薬の基礎研究  (GW03120U) ,  その他の有機化学反応  (CF02100O)

物質索引 (1件)： ピリミジン

タイトルに関連する用語 (11件)： ジオン ,  生物 ,  活性剤 ,  前駆体 ,  分子立体配座 ,  解析 ,  反応性 ,  振動スペクトル解析 ,  分子動力学 ,  ドッキング ,  研究