文献

J-GLOBAL ID：201802270188704086   整理番号：18A0268506

in vitro選抜とハイスループット塩基配列決定を用いたRNA結合蛋白質複合体の統合的解析と配列特異性景観(SEQRS)【Powered by NICT】

Integrated analysis of RNA-binding protein complexes using in vitro selection and high-throughput sequencing and sequence specificity landscapes (SEQRS)

著者 (7件)： Lou Tzu-Fang (Department of Biological Sciences, University of Texas at Dallas, Richardson, TX 75080, United States) ,  Weidmann Chase A. (Department of Biological Chemistry, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States) ,  Killingsworth Jordan (Department of Biological Chemistry, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States) ,  Tanaka Hall Traci M. (Epigenetics and Stem Cell Biology Laboratory, National Institute of Environmental Health Sciences, National Institutes of Health, Research Triangle Park, NC 27709, United States) ,  Goldstrohm Aaron C. (Department of Biological Chemistry, University of Michigan, Ann Arbor, MI 48109, United States) ,  Goldstrohm Aaron C. (Department of Biochemistry, Molecular Biology and Biophysics, University of Minnesota, Minneapolis, MN 55455, United States) ,  Campbell Zachary T. (Department of Biological Sciences, University of Texas at Dallas, Richardson, TX 75080, United States)
資料名： Methods  (Methods)
巻： 118-119  ページ： 171-181  発行年： 2017年 
JST資料番号： W0241A  ISSN： 1046-2023  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： RNA結合蛋白質(RBP)はRNA機能の実質的にあらゆる面を制御するために協働する。in vivoとin vitroの両方で大きな進歩は,次世代シーケンシングアプローチを用いたRBP特異性の包括的評価の分野でなされている。蛋白質-蛋白質相互作用はRNAの正確な組み合わせ調節を可能にするかを理解することは重要な問題である。この課題への取り組み不偏で包括的な方法で個々の蛋白質と多量体複合体の両方の特異性を定量的に測定できるツールが必要である。一つのアプローチは,in vitro選択,ハイスループット配列決定と配列特異性景観(SEQRS)を利用した。ショウジョウバエRBP Pumilio(Pum)とNanos(Nos)の間の多蛋白質複合体の特異性を得ることに焦点を当てたSEQRS実験を概説した。はこの種の実験に必要な制御を議論し,得られたデータは,構造的および細胞に基づくレポーターアッセイで補完できるかを調べた。SEQRSデータは生物学的機能を明らかにする機能的ゲノミクスデータと統合することができる。最後に,RNA上に集合した多蛋白質調節複合体の理解を深めるであろう技術の拡張を提案した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 生物活性 ,  多量体 ,  *タンパク質 ,  *RNA【核酸】 ,  ショウジョウバエ ,  *タンパク質複合体 ,  *RNA結合タンパク質 ,  *複合体
準シソーラス用語： 多蛋白質複合体 ,  *ハイスループット ,  SELEX法 ,  蛋白質間相互作用 ,  *特異性 ,  *RNA結合 ,  *ハイスループットヌクレオチド配列決定法 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： RNA ,  配列決定 ,  SELEX ,  Pumilio ,  NOS ,  組合せ制御

分類 (2件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N) ,  生物学的機能  (EB03040U)

タイトルに関連する用語 (7件)： ハイスループット塩基配列決定 ,  RNA結合蛋白質 ,  複合体 ,  統合 ,  解析 ,  特異性 ,  景観