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J-GLOBAL ID：201802271320977753   整理番号：18A1071980

インフォームド・ウォーク:ネットワークのジャングル内の遺伝子ハンターへのヒントのヒント【JST・京大機械翻訳】

Informed walks: whispering hints to gene hunters inside networks’ jungle

著者 (3件)： Bourdakou Marilena M. (Bioinformatics ERA Chair, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus) ,  Bourdakou Marilena M. (Center of Systems Biology, Biomedical Research Foundation, Academy of Athens, Athens, Greece) ,  Spyrou George M. (Bioinformatics ERA Chair, The Cyprus Institute of Neurology and Genetics, Nicosia, Cyprus)
資料名： BMC Systems Biology (Web)  (BMC Systems Biology (Web))
巻： 11  号： 1  ページ： 97  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7370A  ISSN： 1752-0509  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】系統的アプローチは,いくつかのタイプの分子関連の分析,ならびにいくつかの癌タイプにおける特異的遺伝子コミュニティの同定に関する異なる観点を提供する。しかし,実験的証拠に基づいてネットワークを構築するのに必要な十分なデータが不足しているため,統計的遺伝子共発現ネットワークは代わりに広く使われている。これらのネットワークに隠された情報を活用するために多くの努力がなされている。しかしながら,これらのアプローチは,分子経路関連に暗号化された事前知識を包括的に利用する必要があり,いくつかの癌型の共通の起源を明らかにする可能性がある候補バイオマーカーと保存されたサブネットワークの両方の発見に関するそれらの効率を改善する。【方法】本研究において,著者らは,候補遺伝子と遺伝子-遺伝子リンクを採掘するために,分子経路から情報を組み込んだランダムウォークに基づくInformed Walksモデルの開発を提示する。提案したモデルを,7つの異なる癌型からのTCGA(癌ゲノムAtlas)データセットに適用し,遺伝子の再構築共発現ネットワークと各癌型に対する強調されたサブネットワークへの駆動を探索した。後遺症において,著者らは,薬物浄化パイプラインを通して対応する癌型を抑制する可能性を有する薬物の短いリストと同様に,基礎となる排他的および一般的分子機構の適応に及ぼす各サブネットワークの影響を解明した。結論:以前の知識に基づく遺伝子サブネットワークの方法を開発し,基礎となる分子機構と種々の癌タイプに対する薬物浄化パイプラインへの価値ある入力に関する有益な洞察を与えることができた。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *歩行 ,  再構成 ,  ゲノム ,  暗号 ,  モデル ,  酔歩 ,  *遺伝子 ,  後遺症 ,  *ネットワーク ,  バイオマーカー ,  コミュニティ
準シソーラス用語： 候補遺伝子 ,  サブネットワーク ,  事前知識 ,  共発現 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 酔歩 ,  ネットワーク推論 ,  ネットワーク解析 ,  遺伝子サブネットワーク ,  分子機構 ,  薬物再利用 ,  癌のタイプ

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (52件)：

• Cancer Biomark; Molecular pathogenesis of endometrial and ovarian cancer; MA Merritt, DW Cramer; 9; 1-6; 2010; 287-305; CR1;
• Placenta; Infertility as a cancer risk factor - a review; I Cetin, V Cozzi, P Antonazzo; 29 Suppl B; 2008; 169-177; 10.1016/j.placenta.2008.08.007; CR2;
• FEBS Open Bio; Mining disease genes using integrated protein-protein interaction and gene-gene co-regulation information; J Li, L Wang, M Guo, R Zhang, Q Dai, X Liu, C Wang, Z Teng, P Xuan, M Zhang; 5; 2015; 251-256; 10.1016/j.fob.2015.03.011; CR3;
• Sci Rep; Discovering gene re-ranking efficiency and conserved gene-gene relationships derived from gene co-expression network analysis on breast cancer data; MM Bourdakou, EI Athanasiadis, GM Spyrou; 6; 2016; 20518; 10.1038/srep20518; CR4;
• Nat Methods; Wisdom of crowds for robust gene network inference; D Marbach, JC Costello, R Kuffner, NM Vega, RJ Prill, DM Camacho, KR Allison, D Consortium, M Kellis, JJ Collins; 9; 8; 2012; 796-804; 10.1038/nmeth.2016; CR5;

タイトルに関連する用語 (2件)： 遺伝子 ,  ヒント