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J-GLOBAL ID：201802271383134769   整理番号：18A0757678

プール配列データを用いた対立遺伝子およびハプロタイプ頻度推定の精度の最適化法【JST・京大機械翻訳】

How to optimize the precision of allele and haplotype frequency estimates using pooled-sequencing data

著者 (6件)： Rode Nicolas O. (INRA, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Holtz Yan (INRA, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Loridon Karine (INRA, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Santoni Sylvain (INRA, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Ronfort Joeelle (INRA, UMR AGAP, Montpellier, France) ,  Gay Laurene (INRA, UMR AGAP, Montpellier, France)
資料名： Molecular Ecology Resources  (Molecular Ecology Resources)
巻： 18  号： 2  ページ： 194-203  発行年： 2018年 
JST資料番号： W2685A  ISSN： 1755-098X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 個々の個体よりも個体の配列決定プールは,多くの個体群において多くの遺伝子座で対立遺伝子頻度を推定するコストを別々に減少させる。理論的および経験的研究により,限られた数の個体(典型的に50以下)から成る配列プールは,DNAプールおよびDNA配列決定段階が注意深く制御されていると考えられる信頼できる対立遺伝子頻度推定を提供することを示した。DNAプールへの異なる個体の不均等な寄与と配列深さにおける平均と分散は,対立遺伝子頻度推定の標準誤差に影響を及ぼすことができる。著者らの知識に対して,対立遺伝子頻度推定に及ぼすこれら2つの因子の影響を別々に研究した。従って,配列決定深さに無関係に不均一な個々のDNA寄与の相対的重要性を事前に推定する方法は存在しない。これら二つの効果を明確に区別する対立遺伝子頻度推定のための新しい解析モデルを開発した。著者らのモデルは,プール配列実験におけるDNAプール分散が,プール内の個体数とプールへの個々のDNA寄与の変動係数の2つの因子にのみ依存することを示した。試料がDNA抽出の前後にプールされているプール配列決定計画を計画するとき,この変動係数を実験的に推定する新しい方法を示した。この解析的および実験的枠組みを用いて,プール配列実験の設計を最適化するためのガイドラインを提供した。最終的に,著者らは,植物Medicago truncatulaの近交系の複製プールを配列し,著者らのモデルからの予測がプール配列決定を用いて既知の多座ハプロタイプの頻度を推定するとき,一般的に真であることを示した。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 個体群 ,  *ハプロタイプ ,  解析モデル ,  変動係数 ,  *最適化 ,  DNA【核酸】 ,  *対立遺伝子 ,  遺伝子頻度
準シソーラス用語： 近交系 ,  DNA抽出 ,  個体数 ,  標準誤差 ,  DNA配列 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 対立遺伝子頻度推定 ,  被覆深度 ,  実験的進化 ,  フィットネス ,  ハプロタイプ周波数推定 ,  集団ゲノミクス

分類 (1件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J)

タイトルに関連する用語 (5件)： 対立遺伝子 ,  ハプロタイプ ,  頻度 ,  推定 ,  最適化