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J-GLOBAL ID：201802271539345843   整理番号：18A0464149

分子動力学シミュレーションによるRNAの安定性と立体配座に及ぼす超好熱蛋白質Ssh10bの影響の調査【Powered by NICT】

Exploring the influence of hyperthermophilic protein Ssh10b on the stability and conformation of RNA by molecular dynamics simulation

著者 (3件)： Zhang Xue (Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, Institute of Theoretical Chemistry, International Joint Research Laboratory of Nano-Micro Architecture Chemistry, Jilin University, Changchun, 130023, People’s Republic of China) ,  Zheng Qing-Chuan (Laboratory of Theoretical and Computational Chemistry, Institute of Theoretical Chemistry, International Joint Research Laboratory of Nano-Micro Architecture Chemistry, Jilin University, Changchun, 130023, People’s Republic of China) ,  Zheng Qing-Chuan (Key Laboratory for Molecular Enzymology and Engineering of the Ministry of Education, Jilin University, Changchun, 130023, People’s Republic of China)
資料名： Biopolymers  (Biopolymers)
巻： 109  号： 1  ページ： ROMBUNNO.23068  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0766A  ISSN： 0006-3525  CODEN： BIPMAA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Sulfolobus shibataeからの超好熱性Ssh10bはSac10bファミリー,生理的基質としてのin vivo RNA結合のメンバーであり,古細菌における染色体構成に重要な役割を果たすと仮定されている。Ssh10b RNAの結晶構造をX線回折(蛋白質データバンク(PDB)コード:3wbm)により連続的に分解したが,Ssh10b RNAの詳細な動的特性はまだ不明である。本研究では,6種の温度(300年,350年,375年,400年,450,および500K)と分子力学一般化Born表面積(MM GB/SA)自由エネルギー計算分子動力学(MD)シミュレーションは,Ssh10bが保護する安定化RNAの機構を調べるために実施した。シミュレーション結果は,Ssh10bは三つの異なる温度(300年,350年,および375K)でRNAに結合するとき温度は375Kまで上昇するとRNAはA-RNAとA′-RNA間の立体配座転移を受けることが判明したRNAは,Ssh10bにより安定化されることを示した。塩橋,水素結合および疎水性相互作用が観察され,いくつかの残基は,複合体の構造安定性に顕著な影響を及ぼす。本研究は,原子レベルでの超好熱性蛋白質とRNAの動力学と相互作用機構の理解を増加させ,超好熱性蛋白質とRNAの構造生物学を研究するためのモデルを提供する。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 水素結合 ,  *計算機シミュレーション ,  *分子動力学 ,  基質 ,  疎水性相互作用 ,  *立体配座 ,  分子内力学 ,  X線回折 ,  複合体 ,  *タンパク質 ,  *好熱性 ,  結晶構造 ,  配座転移 ,  *RNA【核酸】 ,  古細菌
準シソーラス用語： *分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 超好熱性蛋白質 ,  分子動力学 ,  MM-GB/SA ,  RNA ,  Ssh10b

分類 (3件)： 酵素一般  (EB09010D) ,  酵素の応用関連  (EB09100B) ,  分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (7件)： 分子動力学シミュレーション ,  RNA ,  安定性 ,  立体配座 ,  好熱 ,  蛋白質 ,  調査