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J-GLOBAL ID：201802271721830491   整理番号：18A1154460

マウスIAPレトロトランスポゾンの遺伝子座特異的低メチル化は転写因子結合部位と関連する【JST・京大機械翻訳】

Locus-specific hypomethylation of the mouse IAP retrotransposon is associated with transcription factor-binding sites

著者 (7件)： Shimosuga Ken-ichi (Division of Epigenomics and Development, Medical Institute of Bioregulation, and Epigenome Network Research Center, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Shimosuga Ken-ichi (Trygroup Incorporated, Tokyo, Japan) ,  Fukuda Kei (Division of Epigenomics and Development, Medical Institute of Bioregulation, and Epigenome Network Research Center, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Fukuda Kei (Cellular Memory Laboratory, RIKEN, Saitama, Japan) ,  Sasaki Hiroyuki (Division of Epigenomics and Development, Medical Institute of Bioregulation, and Epigenome Network Research Center, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Ichiyanagi Kenji (Division of Epigenomics and Development, Medical Institute of Bioregulation, and Epigenome Network Research Center, Kyushu University, Fukuoka, Japan) ,  Ichiyanagi Kenji (Laboratory of Genome and Epigenome Dynamics, Department of Applied Molecular Biosciences, Graduate School of Bioagricultural Sciences, Nagoya University, Nagoya, Japan)
資料名： Mobile DNA (Web)  (Mobile DNA (Web))
巻： 8  号： 1  ページ： 20  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7334A  ISSN： 1759-8753  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 細胞内A粒子(IAP)はマウスゲノムにおける最も転移的に活性なレトロトランスポゾンの1つであるが,その発現は細胞型間で変化する。この変異は,転写が始まる5′長末端反復(LTR)の後成的状態(例えばDNAメチル化)の違いから生じると信じられている。しかしながら,コピー数が高くコピー間の配列類似性が高いために,個々のIAP LTRの後成的状態を包括的に分析することは困難である。著者らは,一度,多数の個々のレトロトランスポゾンコピーのDNAメチル化状態を分析するために,ポスト-亜硫酸塩アダプタータグ(TEPBAT)後の標的濃縮と呼ばれる方法を開発した。この方法を用いて,精子及び尾部におけるゲノムIAP LTRsの>8500コピーのDNAメチル化レベル(PCRプライマーにより標的化することを目的としたほとんど全てのコピー)を測定した。これは,LTRsの大部分が精子と尾部の両方で高度にメチル化されていることを明らかにした;しかしながら,低メチル化コピーは,尾部より精子でより頻繁に見出された。興味あることに,これらの低メチル化LTRsのほとんどは,特異的IAPサブファミリーに属し,雄性生殖細胞において活性な転写因子(TF)に対する結合部位を有していた。本研究は,IAP LTRのサブファミリーと位置特異的低メチル化を明らかにし,TFsの結合がDNAメチル化からの保護に関与し,一方,IAP内部配列はメチル化を増強することを示唆した。さらに,TEPBATはレトロトランスポゾン配列に焦点を当てた種々のDNAメチローム研究に対して費用対効果の高い方法を提供することを示した。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 類似性 ,  コピー数 ,  *レトロトランスポゾン ,  *結合部位 ,  LTR【ウイルス】 ,  DNA【核酸】 ,  ターゲティング ,  *転写因子 ,  精子形成 ,  精子 ,  ゲノム ,  *メチル化
準シソーラス用語： DNAメチル化 ,  細胞型 ,  *低メチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： DNAメチローム ,  槽内A粒子 ,  内在性レトロウイルス ,  転写因子 ,  精子形成 ,  マウス

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (37件)：

• Nature; Initial sequencing and comparative analysis of the mouse genome; RH Waterston, K Lindblad-Toh, E Birney, J Rogers, JF Abril, P Agarwal, R Agarwala, R Ainscough, M Alexandersson; 420; 2002; 520-562; 10.1038/nature01262; citation_id=CR1
• Genome Res; Mammalian non-LTR retrotransposons: for better or worse, in sickness and in health; VP Belancio, DJ Hedges, P Deininger; 18; 2008; 343-358; 10.1101/gr.5558208; citation_id=CR2
• PLoS Genet; Retroviral elements and their hosts: insertional mutagenesis in the mouse germ line; IA Maksakova, MT Romanish, L Gagnier, CA Dunn, LN van de Lagemaat, DL Mager; 2; 2006; e2; 10.1371/journal.pgen.0020002; citation_id=CR3
• Nat Genet; Transcription of IAP endogenous retroviruses is constrained by cytosine methylation; CP Walsh, JR Chaillet, TH Bestor; 20; 1998; 116-117; 10.1038/2413; citation_id=CR4
• Cell Stem Cell; DNA methylation and SETDB1/H3K9me3 regulate predominantly distinct sets of genes, retroelements, and chimeric transcripts in mESCs; MM Karimi, P Goyal, IA Maksakova, M Bilenky, D Leung, JX Tang, Y Shinkai, DL Mager, S Jones, M Hirst; 8; 2011; 676-687; 10.1016/j.stem.2011.04.004; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (5件)： マウス ,  IAP ,  レトロトランスポゾン ,  低メチル化 ,  転写因子結合部位