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J-GLOBAL ID：201802272067107556   整理番号：18A0469300

精度向上のための展望を用いたCASP12におけるデータ支援蛋白質構造予測のための小角X線散乱と橋かけ【Powered by NICT】

Small angle X-ray scattering and cross-linking for data assisted protein structure prediction in CASP 12 with prospects for improved accuracy

著者 (11件)： Ogorzalek Tadeusz L. (Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, 94720, USA) ,  Hura Greg L. (Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, 94720, USA) ,  Belsom Adam (Wellcome Centre for Cell Biology, Institute of Cell Biology, School of Biological Sciences, University of Edinburgh, Edinburgh, EH9 3BF, U.K) ,  Burnett Kathryn H. (Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, 94720, USA) ,  Kryshtafovych Andriy (Protein Structure Prediction Center, Genome and Biomedical Sciences Facilities, University of California, Davis, CA, 95616, USA) ,  Tainer John A. (Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, 94720, USA) ,  Tainer John A. (Department of Molecular and Cellular Oncology, The University of Texas M. D. Anderson Cancer Center, Houston, Texas, 77030, USA) ,  Rappsilber Juri (Wellcome Centre for Cell Biology, Institute of Cell Biology, School of Biological Sciences, University of Edinburgh, Edinburgh, EH9 3BF, U.K) ,  Rappsilber Juri (Chair of Bioanalytics, Institute of Biotechnology, Technische Universitaet Berlin, 13355 Berlin, Germany) ,  Tsutakawa Susan E. (Molecular Biophysics & Integrated Bioimaging, Lawrence Berkeley National Laboratory, Berkeley, California, 94720, USA) ,  Fidelis Krzysztof (Protein Structure Prediction Center, Genome and Biomedical Sciences Facilities, University of California, Davis, CA, 95616, USA)
資料名： Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics  (Proteins: Structure, Function, and Bioinformatics)
巻： 86 Suppl S1  ページ： 202-214  発行年： 2018年 
JST資料番号： T0761A  ISSN： 0887-3585  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 実験データは構造予測のための権限付与型制約を提供する。これらの制約条件は予測に向けた最適化関数内の等価スコアモデルをフィルタリングまたはより強力に用いることができる。CASP12では,新規折畳み標的の典型的なセット上で測定され,小角X線散乱(SAXS)と架橋質量分析(CLMS)データは,蛋白質構造予測因子のCASPコミュニティに提供した。溶液ベースの手法として,SAXSおよびCLMSはその天然の溶液立体配座と集合における全長配列の状態を効率的に測定することができる。しかし,この実験データは結晶学的モデルへの当てはめによる判断予測精度を実質的に改善しなかった。一つの問題,アルゴリズムの固有の限界を超えて,結晶構造と溶液ベース測定間であった。著者らの分析は,多くの標的は,実質的な割合無秩序領域(40%まで)を有していたまたは多量体または両方であったことを示した。,柔軟性と集合体の溶液測定は結晶学的データ上で訓練された予測アルゴリズムを混乱させる可能性があることを変化を支持し,球状完全に折畳まれた単量体蛋白質を期待した。ここでは,収集したCLMSとSAXSデータ,これら溶液測定における情報,計算予測中にこれらを組み込むことの課題を考察した。CASP12で実現した部分的にのみた改善機会として,著者らは,完全な長さの生物学的単位からどのようにデータに関する指針を提供し,溶液状態は折り畳まれた単量体またはサブユニットの予測を支援できる。さらに基本的知識を改善するかなりの目的と溶液中の蛋白質の生物学的関連構造予測のための計算アルゴリズムの精度で計算予測プログラムを用いた溶液測定の戦略的統合を述べた。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 折畳み ,  結晶学 ,  アルゴリズム ,  質量分析 ,  単量体 ,  *予測 ,  *タンパク質 ,  立体配座 ,  結晶構造 ,  最適化 ,  柔軟性
準シソーラス用語： 予測精度 ,  *蛋白質構造 ,  *構造予測 ,  *蛋白質構造予測 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (15件)： 組立 ,  複合法 ,  crystallography ,  障害 ,  実験的拘束 ,  柔軟性 ,  モデリング ,  予測精度 ,  蛋白質折畳み ,  SAS ,  SAXS ,  溶液散乱 ,  溶液構造 ,  折り畳まれていない領域 ,  非構造領域

分類 (1件)： 分子構造  (EB03020Y)

タイトルに関連する用語 (6件)： 精度向上 ,  展望 ,  支援 ,  蛋白質構造予測 ,  小角X線散乱 ,  橋かけ