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J-GLOBAL ID：201802272073948261   整理番号：18A0806663

参照のない遺伝子型決定とSNPアッセイを用いたタマネギ(Allium cepa L.)の遺伝地図の開発【JST・京大機械翻訳】

Development of a Genetic Map for Onion (Allium cepa L.) Using Reference-Free Genotyping-by-Sequencing and SNP Assays

著者 (6件)： Jo Jinkwan (Department of Plant Science, Plant Genomics and Breeding Institute, Vegetable Breeding Research Center, College of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University) ,  Purushotham Preethi M. (Department of Plant Science, Plant Genomics and Breeding Institute, Vegetable Breeding Research Center, College of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University) ,  Han Koeun (Department of Plant Science, Plant Genomics and Breeding Institute, Vegetable Breeding Research Center, College of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University) ,  Lee Heung-Ryul (Biotechnology Institute, Nongwoo Bio Co., Ltd.) ,  Nah Gyoungju (National Instrumentation Center for Environmental Management, Seoul National University) ,  Kang Byoung-Cheorl (Department of Plant Science, Plant Genomics and Breeding Institute, Vegetable Breeding Research Center, College of Agriculture and Life Sciences, Seoul National University)
資料名： Frontiers in Plant Science (Web)  (Frontiers in Plant Science (Web))
巻： 8  ページ： 1606  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7094A  ISSN： 1664-462X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 単一ヌクレオチド多型(SNP)は,植物ゲノミクスおよび育種研究における分子マーカーとして重要な役割を果たしている。タマネギ(Allium cepa L.)は世界的に重要な作物であるが,その大きなゲノムと高いヘテロ接合性のために比較的少数の分子マーカー資源が報告されている。遺伝子タイピング(GBS)は,複雑なゲノムを持つ種に対する同時SNP発見と遺伝子タイピングに続くより大きな複雑さ減少を提供する。本研究では,GBSをタマネギにおけるSNPマイニングに使用し,現在,参照ゲノムを欠いている。「NW-001」と「NW-002」の間の交雑から誘導されたF_2個体群の分離,ならびに多重親系統をGBS分析に用いた。生の配列データの合計56.15のGbpが生成され,そして,1,851,428のSNPがde novoの組み立てられたコンティグから同定された。厳しいフィルタリングは10091の高忠実度SNPマーカーをもたらした。分離比判定基準を満たし,マッピング個体群における均等分布によるロバストSNPを用いて,タマネギ遺伝子地図を構築した。最終的な地図は8つの連鎖群を含み,8.08cMの平均マーカー間隔で1,383cmの器官(cM)の遺伝的長さに及んだ。これらのロバストSNPを,マーカー検証のためのハイスループットFluidigmプラットフォームを用いてさらに分析した。これは,GBSを用いてゲノム全体のSNPを開発するためのタマネギにおける最初の研究である。得られたSNPマーカーと開発された連鎖地図は,タマネギ育種計画における重要な農業形質とマーカー支援選抜の遺伝的マッピングのための価値あるツールである。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  連鎖地図 ,  判定基準 ,  交雑 ,  育種 ,  一塩基多型 ,  個体群 ,  *遺伝子地図 ,  *タマネギ ,  ゲノム ,  ロバスト性
準シソーラス用語： SNPマーカー ,  分子マーカー ,  ゲノミクス ,  *遺伝子タイピング , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： タマネギ ,  遺伝子型決定法 ,  連鎖地図 ,  Fluidigm ,  一塩基多型(SNP)

分類 (2件)： 野菜とその加工品  (FJ11020O) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (8件)： 参照 ,  遺伝子型決定 ,  SNP ,  アッセイ ,  タマネギ ,  Allium ,  遺伝地図 ,  開発