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J-GLOBAL ID：201802272226699633   整理番号：18A0796912

テロメアWatson-Crick二重鎖の安定性の分子動力学解析およびpHと温度の関数としての関連I-モチーフ【JST・京大機械翻訳】

Molecular dynamics analysis of stabilities of the telomeric Watson-Crick duplex and the associated i-motif as a function of pH and temperature

著者 (2件)： Panczyk Tomasz (Institute of Catalysis and Surface Chemistry, Polish Academy of Sciences, ul. Niezapominajek 8, 30239 Cracow, Poland) ,  Wolski Pawel (Institute of Catalysis and Surface Chemistry, Polish Academy of Sciences, ul. Niezapominajek 8, 30239 Cracow, Poland)
資料名： Biophysical Chemistry  (Biophysical Chemistry)
巻： 237  ページ： 22-30  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0824A  ISSN： 0301-4622  CODEN： BICIAZ  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究では,インターカレーションiモチーフを形成するテロメアDNAの天然配列d[(CCCTAA)_3CCCT]のプロトン化及び脱プロトン化状態の分子動力学解析を行い,配列d[(CCCTAA)_3CCCT]と対になり,Watson-Crick(WC)二本鎖を形成した。核酸に対するアンバー力場を利用することにより,iモチーフとWC二本鎖を天然シトシンまたはそれらのプロトン化型を用いて構築した。分子動力学シミュレーションを適用することにより,生理学的流体中の両構造の安定化におけるシトシンまたはシトシン-グアニン対の間の水素結合の役割を研究した。水素結合がプロトン化i-モチーフの場合とWC二本鎖の標準形で存在することを見出した。しかし,それらは脱プロトン化i-モチーフとWC二本鎖のプロトン化型の場合に消失した。これらの構造の強制的アンラッピングにおける平均力のポテンシャルを決定することにより,プロトン化i-モチーフが熱力学的に最も安定であることを見出した。その脱プロトン化は自発的になり,正常温度でのヘアピン構造へのi-モチーフの非バイアス計算アンフォールディングで直接観察された。WC二本鎖はその標準形で安定であり,そのわずかな不安定化が酸性pHで観察された。しかし,プロトン化されたWC二本鎖は310Kで非常に遅くなり,その分解はバイアスされていない計算では観測されなかった。より高い温度(約400Kまたはそれ以上)では,WC二本鎖は自発的にアンラップする。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 水素結合 ,  インターカレーション ,  計算機シミュレーション ,  *テロメア ,  *分子動力学 ,  脱プロトン ,  力の場 ,  核酸 ,  バイアス ,  ヘアピン構造 ,  デコンボリューション ,  プロトン化 ,  熱力学 ,  窒素複素環化合物 ,  ウレア化合物
準シソーラス用語： 不安定化 ,  分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： iモチーフ ,  Watson-Crickデュプレックス ,  テロメア ,  分子動力学

分類 (1件)： 核酸一般  (EB04010U)

物質索引 (1件)： シトシン

タイトルに関連する用語 (8件)： テロメア ,  重鎖 ,  安定性 ,  分子動力学 ,  解析 ,  pH ,  温度の関数 ,  モチーフ