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J-GLOBAL ID：201802272414466331   整理番号：18A1242091

機能的および計算的アプローチによるBRCA2ミスセンス変異体の臨床的関連性の評価【JST・京大機械翻訳】

Assessment of the Clinical Relevance of BRCA2 Missense Variants by Functional and Computational Approaches

著者 (14件)： Guidugli Lucia (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA) ,  Shimelis Hermela (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA) ,  Masica David L. (Department of Biomedical Engineering and Institute for Computational Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Pankratz Vernon S. (Division of Nephrology, University of New Mexico, Albuquerque, NM 87131, USA) ,  Lipton Gary B. (Department of Statistical Science, Duke University, Durham, NC 27708, USA) ,  Singh Namit (Department of Structural Biology, University of California, San Diego, San Diego, CA 92093, USA) ,  Hu Chunling (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA) ,  Monteiro Alvaro N.A. (Cancer Epidemiology Program, H. Lee Moffitt Cancer Center, Tampa, FL 33612, USA) ,  Lindor Noralane M. (Department of Health Sciences Research, Mayo Clinic, Scottsdale, AZ 85259, USA) ,  Goldgar David E. (Huntsman Cancer Institute and Department of Dermatology, University of Utah, Salt Lake City, UT 84132, USA) ,  Karchin Rachel (Department of Biomedical Engineering and Institute for Computational Medicine, Johns Hopkins University, Baltimore, MD 21205, USA) ,  Karchin Rachel (Department of Oncology, Johns Hopkins University School of Medicine, Baltimore, MD 21218, USA) ,  Iversen Edwin S. (Department of Statistical Science, Duke University, Durham, NC 27708, USA) ,  Couch Fergus J. (Department of Laboratory Medicine and Pathology, Mayo Clinic, Rochester, MN 55905, USA)
資料名： American Journal of Human Genetics  (American Journal of Human Genetics)
巻： 102  号： 2  ページ： 233-248  発行年： 2018年 
JST資料番号： B0360B  ISSN： 0002-9297  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 臨床遺伝学的試験により,BRCA2において多くの不確実性の変異体(VUS)が同定されている。VUSは,癌リスクに対するこれらの変異体の寄与が決定されていないので,有意な臨床的挑戦をもたらす。BRCA2相同組換え(HR)DNA修復活性の検証された機能アッセイを用いてBRCA2C末端DNA結合ドメイン(DBD)におけるVUSの包括的評価を行い,変異病原性の分類因子を定義した。評価した139の変種の中で,54は≧99%の病原性を有し,73は≧95%の中立性を有していた。機能分析結果を,変異体分類に使用されているAlign-GVGD蛋白質配列に基づく予測アルゴリズムからの変異病原性の予測と比較した。HRアッセイと比較して,Aリグニン-GVGDは有意に(p<0.05)過剰予測病原性変異体を有意に(p<0.05)予測した。著者らは,次に,機能的およびAlign-GVGD予測結果をBayes階層モデル(VarCall)に結合し,各VUSに対する病原性の全体的確率を推定した。加えて,全ての他のBRCA2 DBD変異体の影響を予測し,機能研究のための変異体を優先するために,HR機能アッセイからのデータを用いてBRCA2変異体に対する分類装置を訓練するためにエンドフェノタイプ最適化配列アンサンブル(ePOSE)アルゴリズムを用いた。まとめると,結果は,病原性のin silico予測因子と組み合わせた系統的な機能分析がBRCA2 VUSの臨床アノテーションのためのロバストなツールを提供することを示す。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： DNA修復 ,  アルゴリズム ,  リグニン ,  不確実性 ,  機能分析 ,  病原性 ,  *ミスセンス突然変異 ,  予測 ,  アノテーション ,  *変異 ,  ロバスト性 ,  アミノ酸配列 ,  最適化
準シソーラス用語： in silico ,  エンドフェノタイプ , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： BRCA2 ,  VUS ,  機能分析 ,  癌の素因

分類 (1件)： 遺伝的変異  (EC01030Y)

タイトルに関連する用語 (5件)： 計算 ,  BRCA2 ,  ミスセンス変異 ,  臨床的関連性 ,  評価