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J-GLOBAL ID：201802272425429315   整理番号：18A1135357

Ion Torrent次世代シーケンシングプラットフォームを用いた建築文化遺産のミクロビオームの最初の評価【JST・京大機械翻訳】

First evaluation of the microbiome of built cultural heritage by using the Ion Torrent next generation sequencing platform

著者 (7件)： Adamiak Justyna (Institute of Fermentation Technology and Microbiology, Faculty of Biotechnology and Food Sciences, Lodz University of Technology, Wolczanska 171/173, 90-924 Lodz, Poland) ,  Otlewska Anna (Institute of Fermentation Technology and Microbiology, Faculty of Biotechnology and Food Sciences, Lodz University of Technology, Wolczanska 171/173, 90-924 Lodz, Poland) ,  Tafer Hakim (VIBT-Vienna Institute of BioTechnology, Extremophile Center, University of Natural Resources and Life Sciences, Muthgasse 11, 1190 Vienna, Austria) ,  Lopandic Ksenija (VIBT-Vienna Institute of BioTechnology, Extremophile Center, University of Natural Resources and Life Sciences, Muthgasse 11, 1190 Vienna, Austria) ,  Gutarowska Beata (Institute of Fermentation Technology and Microbiology, Faculty of Biotechnology and Food Sciences, Lodz University of Technology, Wolczanska 171/173, 90-924 Lodz, Poland) ,  Sterflinger Katja (VIBT-Vienna Institute of BioTechnology, Extremophile Center, University of Natural Resources and Life Sciences, Muthgasse 11, 1190 Vienna, Austria) ,  Pinar Guadalupe (VIBT-Vienna Institute of BioTechnology, Extremophile Center, University of Natural Resources and Life Sciences, Muthgasse 11, 1190 Vienna, Austria)
資料名： International Biodeterioration & Biodegradation  (International Biodeterioration & Biodegradation)
巻： 131  ページ： 11-18  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0518A  ISSN： 0964-8305  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 本研究の目的は,煉瓦と塗料塗装として歴史的建築材料の生物劣化に関与する細菌と古細菌,特に好塩性微生物の群集構造を検出することであった。これらの材料を分析するために,イオン電流配列決定技術プラットフォームを初めて用いた。アンプリコンは普遍的,細菌および古細菌特異的プライマーを用いて生成され,すべてが16S rDNAのV4超可変領域に隣接しており,分類群検出の感度を比較するために行われた。結果は,イオントレント配列決定プラットフォームが,迅速で容易な方法で歴史的建築材料の微生物を評価するために大きな可能性を持つことを示した。煉瓦試料は,27の細菌および3つの古細菌門に属する合計1178属を置き,一方,塗料被覆は,11の細菌門に属する145属を示した。Actinobacteriaのメンバーは両試料で優勢であった。塩ophilesは,塩分のあるマイクロニッチが建物の表面で利用できるとき,重要なコロニー形成剤であることを示す両方の材料で検出された。それにもかかわらず,分析はプライマー選択によって影響されることを示し,細菌と古細菌特異的プライマーは,古細菌と細菌の非特異的検出を可能にしたので,プライマーバイアスの発生を確認した。普遍的及び考古特異的プライマーから得られた結果は,普遍的プライマーを用いてのみ検出されたNitrospiraeを除いて同等であった。これらのデータは,微生物群集の構造に及ぼすプライマー選択の影響を明確に示し,プライマーの注意深い選択の必要性を指摘した。したがって,著者らは,より高い分類学的多様性をカバーするために,普遍的プライマー,細菌および古細菌特異的プライマーに加えて使用することを推奨する。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 被覆 ,  *細菌 ,  煉瓦 ,  好塩性 ,  塗装 ,  塗料 ,  微生物 ,  塩分 ,  古細菌 ,  建築材料
準シソーラス用語： コロニー形成 ,  超可変領域 ,  16S rDNA ,  アンプリコン ,  *文化遺産 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 次世代シークエンシング(NGS) ,  イオンTorrent配列決定 ,  生物劣化 ,  歴史的材料 ,  好塩菌 ,  プライマーバイアス

分類 (5件)： 微生物学(ウイルス以外)一般  (EG03010C) ,  下水,廃水の生物学的処理  (SC03060H) ,  微生物の生態  (EG03040J) ,  採油,採ガス一般  (UA10010K) ,  土壌汚染  (FB04100T)

タイトルに関連する用語 (6件)： 次世代シーケンシング ,  プラットフォーム ,  建築 ,  文化遺産 ,  ミクロビオーム ,  評価