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J-GLOBAL ID：201802272440520679   整理番号：18A0352944

次世代配列決定法によるアマゾン種Colossoma macropomumにおけるマイクロRNAの発現プロファイルの同定と特性化【Powered by NICT】

Identification and characterization of the expression profile of the microRNAs in the Amazon species Colossoma macropomum by next generation sequencing

著者 (10件)： Gomes Fatima (Institute of Coastal Studies, Laboratory of Genetics and Molecular Biology, Federal University of Para, Campus of Braganca, 68600-000 Braganca, PA, Brazil) ,  Watanabe Luciana (Institute of Coastal Studies, Laboratory of Genetics and Molecular Biology, Federal University of Para, Campus of Braganca, 68600-000 Braganca, PA, Brazil) ,  Nozawa Sergio (Dow AgroSciences, Av Antonio Diederichsen, 400, - Ribeirao Preto, SP 14020-250, Brazil) ,  Oliveira Layanna (Center for Technological Innovation, Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, 67030-000 Ananindeua, PA, Brazil) ,  Cardoso Jedson (Center for Technological Innovation, Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, 67030-000 Ananindeua, PA, Brazil) ,  Cardoso Jedson (Postgraduate Program in Virology (PPGV), Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, Ananindeua, PA 67030-000, Brazil) ,  Vianez Joao (Center for Technological Innovation, Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, 67030-000 Ananindeua, PA, Brazil) ,  Nunes Marcio (Center for Technological Innovation, Evandro Chagas Institute, Ministry of Health, 67030-000 Ananindeua, PA, Brazil) ,  Schneider Horacio (Institute of Coastal Studies, Laboratory of Genetics and Molecular Biology, Federal University of Para, Campus of Braganca, 68600-000 Braganca, PA, Brazil) ,  Sampaio Iracilda (Institute of Coastal Studies, Laboratory of Genetics and Molecular Biology, Federal University of Para, Campus of Braganca, 68600-000 Braganca, PA, Brazil)
資料名： Genomics  (Genomics)
巻： 109  号： 2  ページ： 67-74  発行年： 2017年 
JST資料番号： T0422A  ISSN： 0888-7543  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Colossoma macropomumはアマゾンおよびオリノコ川流域の天然耐性種である。Solimoeesとアマゾン川の二番目に大きい魚と考えられ,アマゾンの主要な漁業資源と熱帯水産養殖における重要な種を表している。マイクロRNAは,いくつかの生物の転写後遺伝子調節において重要な役割を果たしていることを約22ヌクレオチドの非コード内在性リボレギュレーターである。次世代シークエンシングを用いたC.macropomumの試料からの肝臓と皮膚の試料を分析した。データセットは,配列,miRNAの同定の品質をチェックするために,これらのマイクロRNAの発現レベルと標的遺伝子の相互作用を評価するための計算プログラムを用いて評価した。皮膚から肝臓と272から257であり,279の保存されたmiRNAを同定した組織間で共有されたいくつかのmiRNA,リード数の発散であった。ストランドmiR 5pとmiR 3Pは72のmiRNAで観察され,それらのいくつかは高い数3Pリードを示した。最も多く発現されるmiRNAの機能的アノテーションは主に「生物学的プロセス」ドメインに関連した肝臓と皮膚のための27経路をもたらした。同定された経路に基づいて,大きな遺伝子ネットワークを可視化し,この対話型データセット上で選択されたmiRNAの調節を示唆した。はC.macropomumで大きな活性の二組織,この種におけるmiRNAの影響を明らかにするために行うことができることをいくつかの研究の始まりとバイオテクノロジーツールとしての適用性として注目されているmiRNAの発現レベルを同定し,特性化することができた。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 品質 ,  適応性 ,  遺伝的調節 ,  養殖 ,  ヌクレオチド ,  *キャラクタリゼーション ,  アノテーション ,  計算機プログラム ,  相互作用 ,  可視化
準シソーラス用語： 標的遺伝子 ,  次世代シークエンシング ,  *遺伝子発現プロファイリング ,  *マイクロRNA ,  *アマゾン , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Tambaqui ,  miRNA ,  発現 ,  ハイスループット配列決定

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

タイトルに関連する用語 (6件)： 次世代 ,  Colossoma ,  マイクロRNA ,  発現プロファイル ,  同定 ,  特性化