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J-GLOBAL ID：201802273253451900   整理番号：18A0965401

バラの香りを持つゼラニウムのde novoトランスクリプトーム解析はテルペンと酒石酸生合成の代謝特異性への洞察を提供する【JST・京大機械翻訳】

De novo transcriptome analysis of rose-scented geranium provides insights into the metabolic specificity of terpene and tartaric acid biosynthesis

著者 (4件)： Narnoliya Lokesh K. (Center of Innovative and Applied Bioprocessing (A National Institute under the Department of Biotechnology, Govt. of India), Mohali, India) ,  Kaushal Girija (Center of Innovative and Applied Bioprocessing (A National Institute under the Department of Biotechnology, Govt. of India), Mohali, India) ,  Singh Sudhir P. (Center of Innovative and Applied Bioprocessing (A National Institute under the Department of Biotechnology, Govt. of India), Mohali, India) ,  Sangwan Rajender S. (Center of Innovative and Applied Bioprocessing (A National Institute under the Department of Biotechnology, Govt. of India), Mohali, India)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 74  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:バラ(Pelargonium sp.)は,葉におけるローズオキシドと非環状モノテルペノイドの特徴的な組成混合物により,高い価値のある精油を生産する多年生草本である。最近,植物は葉組織で酒石酸を生産することも示されている。バラの香りのあるゼラニウムは,経済的利益と植物および植物製品の重要性に関して,トップ層のカッシュ作物を表す。しかしながら,その代謝と機能的ゲノミクスに関する研究はほとんどなく,ゲノム発現データセット資源は公共領域で利用できない。したがって,植物の特殊な代謝経路の分子的理解における獲得を始めるために,バラ-香り化されたゲラニウム葉トランスクリプトームのde novo配列決定,転写物集合,アノテーション,発現プロファイリング,およびそれらの検証を実施した。【結果】De novoトランスクリプトーム分析は,15.4百万の高品質の生の読み取りから合計78,943のユニークなコンティグ(平均長:623bp,およびN50長:752bp)をもたらした。in silico機能アノテーションは,テルペン,アスコルビン酸及び酒石酸生合成経路,ホルモン代謝及び転写因子を代表するいくつかの推定遺伝子の同定をもたらした。さらに,全部で6,040の単純配列反復(SSR)モチーフが発現転写物の6.8%で同定された。SSRの最高頻度は3ヌクレオチド(50%)であった。さらに,トランスクリプトーム集合を標準PCR法によりランダムに選択した推定遺伝子に対して検証した。組み立てられたコンティグのin silico発現プロファイルは,選択された転写物のリアルタイムPCR分析により検証された。【結論】本研究で反映されたデータセットとリードおよび方向は,その生物学の分子的側面を追求し理解するための基礎となり,また,分子育種と同様に代謝経路,代謝工学,遺伝的多様性を追求し理解するための基礎となる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 代謝経路 ,  *生合成 ,  *代謝 ,  リアルタイムPCR法 ,  ゲノム ,  ヌクレオチド ,  アノテーション ,  *トランスクリプトーム ,  *テルペノイド ,  転写因子
準シソーラス用語： 生合成経路 ,  in silico ,  コンティグ ,  ゲノミクス ,  *トランスクリプトーム解析 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： バラの香りを持つゼラニウム ,  Pelargonium sp. cv.Bourbon ,  de novoトランスクリプトーム ,  テルペン ,  酒石酸 ,  アスコルビン酸 ,  アナカルジン酸

分類 (2件)： 精油,香料  (YG03020H) ,  植物の生化学  (EH01050J)

引用文献 (54件)：

• J Ethnopharmacol; Potential anthelmintic activity of Pelargonium endlicherianum Fenzl; E Kozan, EK Akkol, I Süntar; 187; 2016; 183-6; 10.1016/j.jep.2016.04.044; CR1;
• An herb society of America guide; 2006; CR2;
• Shaw AS, Kumar T, Chishti N, Shabir S. Cultivation of rose scented geranium (Pelargonium sp.) as a cash crop in kashmir valley. Asian J Plant Sci. 2006;5:673-5.
• Lipids Health Dis; Hypoglycemic and antioxidant effects of leaf essential oil of Pelargonium graveolens L’Hér in alloxan induced diabetic rats; M Boukhris, M Bouaziz, I Feki, H Jemai, A Feki, S Sayadi; 11; 2012; 81; 10.1186/1476-511X-11-81; CR4;
• Lipids Health Dis; Phytochemical composition and antimicrobial activities of the essential oils and organic extracts from Pelargonium graveolens growing in Tunisia; BA Hsouna, N Hamdi; 11; 2012; 167; 10.1186/1476-511X-11-167; CR5;

タイトルに関連する用語 (10件)： バラ ,  香り ,  ゼラニウム ,  トランスクリプトーム解析 ,  テルペン ,  酒石酸 ,  生合成 ,  代謝 ,  特異性 ,  洞察