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J-GLOBAL ID：201802273542594816   整理番号：18A0787641

調節構造化動的代謝モデルは脱窒素プロセスにおける遅延酵素応答の潜在的機構を提供する【JST・京大機械翻訳】

Regulation-Structured Dynamic Metabolic Model Provides a Potential Mechanism for Delayed Enzyme Response in Denitrification Process

著者 (10件)： Song Hyun-Seob (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Thomas Dennis G. (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Stegen James C. (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Li Minjing (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Liu Chongxuan (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Song Xuehang (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Chen Xingyuan (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Fredrickson Jim K. (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Zachara John M. (Pacific Northwest National Laboratory) ,  Scheibe Timothy D. (Pacific Northwest National Laboratory)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 8  ページ： 1866  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： ヒporゾーン堆積物における脱窒動力学の最近の研究において,基質濃度の変化に対する酵素的応答において有意な時間遅れ(数日まで)を観察した。基礎となる機構を調べ,酵素と栄養素間の相互作用動力学を理解するために,典型的に使用されている種のギルド(または機能的ギルド)の代わりに,コミュニティの特性を機能的酵素と関連付けるトラットベースのモデルを開発した。この酵素に基づく定式化は,種ギルドの動力学を直接パラメータ化することなく,微生物群集の生物地球化学的機能を総合的に記述することを可能にし,したがって複雑なコミュニティに拡張可能である。モデリングの重要な要素として,転写及び翻訳過程を通して生じる微生物調節を説明し,その動力学を新しいシグネチャペプチドベースの方法を用いて測定した酵素濃度の時間的プロフィルに基づいてパラメータ化した。得られたモデルを用いたシミュレーション結果は,実験で観察されたように,酵素応答における数日の時間遅れを示した。さらに,このモデルは,Delid酵素反応が転写応答により主に制御され,転写産物と酵素の動力学が密接に相関することを示した。開発されたモデルは,自然環境における生物地球化学的プロセスの予測のための有用なツールとして,独立して,あるいは水文学的流れシミュレータとの統合を通して,役立つことができる。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 堆積物 ,  相互作用 ,  栄養素 ,  酵素反応 ,  *脱窒 ,  モデリング ,  微生物 ,  シミュレーション ,  パラメタリゼーション ,  自然環境 ,  コミュニティ ,  *酵素 ,  *代謝
準シソーラス用語： 生物地球化学 ,  ギルド , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (7件)： 窒素サイクル ,  脱窒素 ,  低気圧帯 ,  環境微生物群集 ,  形質ベースモデリング ,  サイバネティック・アプローチ ,  機能的酵素に基づくモデリング

分類 (1件)： 酵素一般  (EB09010D)

タイトルに関連する用語 (9件)： 調節 ,  構造化 ,  代謝 ,  モデル ,  脱窒素 ,  プロセス ,  遅延 ,  酵素 ,  応答