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J-GLOBAL ID：201802273856350495   整理番号：18A0838438

異なるスペシエーションモードの下での層序範囲データの解析のための化石化出生死モデル【JST・京大機械翻訳】

The fossilized birth-death model for the analysis of stratigraphic range data under different speciation modes

著者 (8件)： Stadler Tanja (Department of Biosystems Science & Engineering, Eidgenossische Technische Hochschule Zuerich, Basel 4058, Switzerland) ,  Stadler Tanja (Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Gavryushkina Alexandra (Department of Biosystems Science & Engineering, Eidgenossische Technische Hochschule Zuerich, Basel 4058, Switzerland) ,  Gavryushkina Alexandra (Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Warnock Rachel C.M. (Department of Biosystems Science & Engineering, Eidgenossische Technische Hochschule Zuerich, Basel 4058, Switzerland) ,  Warnock Rachel C.M. (Swiss Institute of Bioinformatics (SIB), Switzerland) ,  Drummond Alexei J. (Department of Computer Science, Centre for Computational Evolution, University of Auckland, Auckland 1010, New Zealand) ,  Heath Tracy A. (Department of Ecology, Evolution, & Organismal Biology, Iowa State University, Ames, Iowa 50011, USA)
資料名： Journal of Theoretical Biology  (Journal of Theoretical Biology)
巻： 447  ページ： 41-55  発行年： 2018年 
JST資料番号： A0288B  ISSN： 0022-5193  CODEN： JTBIA  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 出生-死-サンプリングモデルは,過去と現在のサンプルを用いて系統樹を発生させる。「誕生」を分岐種として解釈し,絶滅としての「死」,化石保存・回復としての「サンプリング」,このモデルを化石化出生死(FBD)モデルと呼び,現存する化石試料について系統樹を作成した。このモデルを数学的に解析し,ペンギン,植物,昆虫などの異なる分類学的レベルの一連のデータセットに適用することに成功したが,このモデルの現在の数学的処理は同じ種に割り当てられる時間的に異なる化石試料のグループを可能にしない。本論文では,「層序的範囲」を明示的に考慮した一般的な数学的FBDモデリングフレームワークを提供し,層序範囲は単一種に関連する系統間隔として定義され,最初から最後の化石出現までの時間を通して決定される。系統樹における化石試料の配列を同じ種に割り当てるために,すなわち,層序範囲を特定するために,種分化のモードを定義する必要がある。著者らは,3つの一般的なスペシエーションモードを説明するための表現を提供する。すなわち,出芽(または非対称)種形成,分岐(または対称)スペシエーション,および非遺伝的スペシエーションである。著者らの方程式は,古生物学的および生物学的データの柔軟な結合Bayes解析を可能にする。さらに,著者らのフレームワークは,層序範囲が単一患者の感染の観察された期間であり,出芽による「出生」が伝達,「死」が回復,「サンプリング」が患者の病原体を配列決定している疫学に直接適用できる。従って,単一患者からの時間を通して複数の観察を組み込むことを可能にするモデルを提示した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *スペシエーション ,  昆虫類 ,  *モデル ,  遺伝 ,  病原体 ,  古生物学 ,  患者 ,  疫学 ,  種分化 ,  対称性 ,  *層序 ,  *化石 ,  出芽 ,  非対称性 ,  系統樹

著者キーワード (6件)： 出生死過程 ,  サンプリングスルータイム ,  木の前 ,  系統樹 ,  マクロ進化 ,  化石

分類 (1件)： 中間子の崩壊  (BF03040D)

タイトルに関連する用語 (4件)： 層序 ,  解析 ,  出生 ,  モデル