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J-GLOBAL ID：201802274265958733   整理番号：18A0965439

ゲノム予測はタイセイヨウサケ(Salmo salar)におけるPiscirickettsia salmonisに対する抵抗性の選択を加速できる【JST・京大機械翻訳】

Genomic predictions can accelerate selection for resistance against Piscirickettsia salmonis in Atlantic salmon ( Salmo salar )

著者 (6件)： Bangera Rama (Aquainnovo S.A, Puerto Montt, Chile) ,  Correa Katharina (Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias, Universidad de Chile, Santiago, Chile) ,  Lhorente Jean P. (Aquainnovo S.A, Puerto Montt, Chile) ,  Figueroa Rene (Aquainnovo S.A, Puerto Montt, Chile) ,  Yanez Jose M. (Aquainnovo S.A, Puerto Montt, Chile) ,  Yanez Jose M. (Facultad de Ciencias Veterinarias y Pecuarias, Universidad de Chile, Santiago, Chile)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 121  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】Piscirickettsia salmonisによって引き起こされたSalmon Rickettsial症候群(SRS)は,チリのサケ産業に影響を及ぼす主要な疾患である。ゲノム選択(GS)は,全同胞のゲノムワイドマーカーと表現型情報が選択候補のゲノムEBV(GEBV)を予測するために使用される方法であり,従来の家系ベースのBest線形不偏予測(PBLUP)に対する選択に対する精度と応答を増加させることが期待される。ゲノムBLUP(GBLUP),SNPBLUP,Bayes CおよびBayes Lassoのような広く使われているGS法は,GEBV予測の精度に関して異なる性能を発揮する可能性がある。本研究の目的は,大西洋サケ育種計画におけるSRSに対する抵抗性のためのPBLUPによる異なるGS法から,ゲノムが可能な予測の信頼性に関して精度を比較することであった。死亡までの日数(日),二元生存状態(STATUS)表現型,および50K SNP配列遺伝子型を,P.salmonisによりチャレンジされた2601のスモルトから得た。異なるSNP密度における異なるGS法の信頼性を,5倍交差検証スキームを用いてPBLUPと比較した。【結果】GS法から推定した遺伝率はPBLUPより有意に高かった。PBLUPとGSモデルから予測されたGEBV間のピアソンの相関は,日とSTATUSに対してそれぞれ0.79~0.91と0.79~0.95の範囲であった。50K SNPによる日およびSTATUSに対する異なるGS法からの信頼性の相対的増加は,それぞれ8~25%および27~30%の範囲であった。すべてのGS法は,すべてのマーカー密度でPBLUPを上回った。日とSTATUSは,3Kと500SNPの最低マーカー密度でもPBLUPより優れた信頼性を示した。20K SNPは,より高い密度を用いてほとんど改善されない両方の形質に対して最大の信頼性に近いことを示結論:これらの結果は,ゲノム予測が大西洋サケにおけるSRS耐性の遺伝的進歩を加速でき,このアプローチの実施がチリにおけるSRSの制御に寄与することを示す。この方法は計算的に高速であり,結果は他のGS法と非常に類似しているので,通常のGS評価のためにGBLUPを推奨する。低密度SNPの使用または低密度SNPの組合せとインプッション戦略は,信頼性における利得を損なうことなく遺伝子タイピングコストを減少させるのに役立つ可能性がある。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 信頼性 ,  チリ共和国 ,  線形性 ,  遺伝子型 ,  *予測 ,  *ゲノム ,  表現型 ,  家系 ,  遺伝率 ,  *Salmo salar
準シソーラス用語： 遺伝子タイピング ,  低密度 ,  BLUP ,  ゲノム選択 ,  *Piscirickettsia , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： ゲノム選択 ,  サケリケッチア症候群 ,  疾患抵抗性 ,  信頼性

分類 (2件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U) ,  細菌による動物の伝染病  (FE02023A)

引用文献 (67件)：

• J Fish Dis; Piscirickettsiosis and Piscirickettsia salmonis in fish: a review; M Rozas, R Enríquez; 37; 3; 2014; 163-88; 10.1111/jfd.12211; CR1;
• J Fish Dis; Piscirickettsia salmonis: a Gram-negative intracellular bacterial pathogen of fish; J Fryer, R Hedrick; 26; 5; 2003; 251-62; 10.1046/j.1365-2761.2003.00460.x; CR2;
• Environ Microbiol; Heavy use of prophylactic antibiotics in aquaculture: a growing problem for human and animal health and for the environment; FC Cabello; 8; 7; 2006; 1137-44; 10.1111/j.1462-2920.2006.01054.x; CR3;
• J Fish Dis; Comprehensive antibiotic susceptibility profiling of Chilean Piscirickettsia salmonis field isolates; P Henríquez, M Kaiser, H Bohle, P Bustos, M Mancilla; 39; 4; 2016; 441-48; 10.1111/jfd.12427; CR4;
• Vaccine; Immunological characterization of a bacterial protein isolated from salmonid fish naturally infected with Piscirickettsia salmonis; SH Marshall, P Conejeros, M Zahr, J Olivares, F Gómez, P Cataldo, V Henríquez; 25; 11; 2007; 2095-102; 10.1016/j.vaccine.2006.11.035; CR5;

タイトルに関連する用語 (6件)： ゲノム ,  予測 ,  タイセイヨウサケ ,  Piscirickettsia ,  抵抗性 ,  加速