抄録/ポイント：
抄録/ポイント
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SNPマーカーに基づくヌクレオチド多様性(π)および連鎖不平衡(LD)分析は,関連分析法を選択するための健全な基礎を提供することができた。カラマツ(Larix kaempferi)はパルプ化と製紙のための重要な木の針葉樹樹種であるが,その高いリグニン含有量はその適用可能性を著しく制限している。本研究では,リグニン生合成のために重要な調節的役割を果たすラッカーゼ遺伝子を研究目標として選択した。コードLkLAC8遺伝子の完全長cDNAとゲノム配列を,cDNA末端ポリメラーゼ連鎖反応(RACE-PCR)の迅速増幅を用いて,カラマツのトランスクリプトームデータベースのラッカーゼ発現配列タグから分離した。cDNAは1940bpと決定され,577AAの蛋白質をコードするオープンリーディングフレーム(ORF,1734bp)を持っていた。この蛋白質は,4つの高度に特異的なCu2+結合部位と11のグリコシル化部位を含み,それによりラッカーゼファミリーに属する。推定した蛋白質配列は,Pinus taedaからのPtaLACと89%の同一性を共有した。リアルタイムPCR分析により,LkLAC8転写物は成熟木部において主に発現し,未成熟木部,葉および成熟葉において中程度のレベルを示し,根において最も低いことが示された。最後に,日本のカラマツの6つの自然に分布した個体群からの40の個体におけるLkLAC8のゲノム配列を増幅し,全部で201のSNPs(それぞれ,103と98の変異型とトランスバージョン)を検出した。SNPの頻度は1/19bpであった。6つの個体群の間のヌクレオチド多様性は0.0034から0.0053の範囲にあり,それは個体群間に有意差がないことを示唆した。LD分析により,LDレベルがLkLAC8遺伝子の長さの増加により急速に減衰することを示した。これらの結果は,候補遺伝子に基づくLDマッピングと関連分析が,日本のカラマツにおける低リグニンの新しい生殖質のマーカー支援育種に対して実行可能であることを示唆した。Data from Wanfang. Translated by JST【JST・京大機械翻訳】
