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J-GLOBAL ID：201802274687306497   整理番号：18A1209591

スパークを用いた対生物学的配列のためのMyers-Millerアラインメントの検索【JST・京大機械翻訳】

Retrieving Myers-Miller alignments for pairwise biological sequences using spark

著者 (4件)： Zhu Xiangyuan (School of Computer, Zhaoqing University, Zhaoqing, Guangdong, China 516061) ,  Li Bing (Department of Computer Science, Georgia State University, Atlanta, Georgia, USA 30302) ,  Li Jian (School of Computer, Zhaoqing University, Zhaoqing, Guangdong, China 516061) ,  Li Kenli (College of Information Science and Engineering, Hunan University, Changsha, Hunan, China 410082)
資料名： IEEE Conference Proceedings  (IEEE Conference Proceedings)
巻： 2017  号： ICNC-FSKD  ページ： 2049-2053  発行年： 2017年 
JST資料番号： W2441A  資料種別： 会議録 (C)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Myers-Millerアルゴリズムは,計算生物学における二次時間と線形空間において広く使用されているグローバルアラインメントツールである。巨大な時間消費のために,Myers-Millerツールを用いることによってメガgabシーケンスを整列することは実行不可能である。しかしながら,クラウドコンピューティングは,実行可能な時間におけるメガgabシーケンスのためのアラインメント結果を達成するための有望なプラットフォームである。本論文において,クラウドにおける巨大な配列アラインメントを構築する並列アルゴリズムであるクラウドMyers-Millerを提示した。クラウドMyers-Millerは,準備,並列処理,および収集段階の3つの段階に分割される。5マシンクラスタに関する著者らの結果は,長い実DNAに対して高いスピードアップを示した。クラウドMyers-Millerを用いることにより,543KBP(kilo塩基対)DNAを配列することが可能である。Copyright 2018 The Institute of Electrical and Electronics Engineers, Inc. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 並列処理 ,  塩基対 ,  *アラインメント ,  アルゴリズム ,  DNA【核酸】 ,  並列アルゴリズム ,  ベクトル空間
準シソーラス用語： 配列アライメント ,  クラウドコンピューティング ,  計算生物学 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (1件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： スパーク ,  生物学 ,  アラインメント ,  検索