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J-GLOBAL ID：201802275562742787   整理番号：18A1114700

ベイズ法を用いたブラジルのブラフォードとヘレフォードのウシ品種におけるダニ抵抗性の予測のためのタグSNP選択【JST・京大機械翻訳】

Tag SNP selection for prediction of tick resistance in Brazilian Braford and Hereford cattle breeds using Bayesian methods

著者 (6件)： Sollero Bruna P. (Embrapa Pecuaria Sul, Bage, Brazil) ,  Junqueira Vinicius S. (Departamento de Zootecnia, Universidade Federal de Vicosa, Vicosa, Brazil) ,  Gomes Claudia C. G. (Embrapa Pecuaria Sul, Bage, Brazil) ,  Caetano Alexandre R. (Embrapa Recursos Geneticos e Biotecnologia, Brasilia, Brazil) ,  Cardoso Fernando F. (Embrapa Pecuaria Sul, Bage, Brazil) ,  Cardoso Fernando F. (Universidade Federal de Pelotas, Capao do Leao, Brazil)
資料名： Genetics Selection Evolution (Web)  (Genetics Selection Evolution (Web))
巻： 49  号： 1  ページ： 49  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7383A  ISSN： 1297-9686  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ダニに対する耐性は,品種内および品種間の複雑な生物学的機構による遺伝的制御下にあることが知られている。本研究の目的は,HerefordおよびBrafordウシにおけるダニ抵抗性と関連したゲノムセグメントおよびタグ単一ヌクレオチド多型(SNP)を同定することであった。非常に低密度のタグSNPパネルの予測性能を推定し,50K SNPデータセットで得られた結果と比較した。【結果】BayesB(π=0.99)は,ブラジル南部で飼育された3455頭の動物からのダニ数および41045SNP遺伝子型に対する脱回帰推定育種値を用いることにより,この複雑な形質に対するゲノムワイド関連研究(GWAS)に最初に適用された。量的形質遺伝子座(QTL)と潜在的に関連するゲノム領域の複合効果を推定するために,SNP数を変化させた2519の非重複1Mbウインドウを定義し,914SNPを含むトップ48ウインドウとダニ耐性に対する推定遺伝分散の20%以上を説明した。次に,最も有益なSNPを,非常に低密度の58-SNPパネルを提案するために,Bayesパラメータ(モデル頻度および類似統計),連鎖不均衡およびマイナー対立遺伝子頻度に基づいて選択した。これらのタグSNPのいくつかは,ダニ抵抗性に機能的に関連する遺伝子および偽遺伝子の近くまたは内にマッピングされた。このSNPパネルの予測能力を,K-平均およびランダムクラスタリングを用いた交差検証および直接ゲノム値を予測するためのBayesAモデルにより検討した。これらの交差検証からの精度は,K-平均およびランダムクラスタリング群に対してそれぞれ0.27±0.09および0.30±0.09であり,π=0.99の全41,045SNPおよびBayesBを用いたとき,それぞれ0.37±0.08および0.43±0.08の値と比較し,π=0.999で0.28±0.07および0.40±0.08であった。結論:Bayes GWASモデルパラメータは,機能的遺伝子に潜在的に関連するSNPを含む非常に低密度のパネルに対するタグSNPを選択するために用いることができる。それは,1つまたはいくつかの重要な複雑な形質が興味があるとき,費用対効果の高いゲノム選択ツールに有用である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 量的形質遺伝子座 ,  パネル ,  一塩基多型 ,  *品種 ,  遺伝子 ,  育種価 ,  *ブラジル連邦共和国 ,  遺伝子頻度 ,  ゲノム ,  遺伝子型 ,  ゲノムワイド関連解析 ,  偽遺伝子
準シソーラス用語： 低密度 ,  *ヘレフォード ,  *Bayes法 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (3件)： 牛  (FD02020Y) ,  飼育動物の育種  (FD01020R) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (70件)：

• Ticks Tick Borne Dis; Towards a genomics approach to tick (Acari: Ixodidae) control in cattle: a review; NO Mapholi, MC Marufu, A Maiwashe, CB Banga, V Muchenje, MD MacNeil; 5; 2014; 475-483; 10.1016/j.ttbdis.2014.04.006; CR1;
• BMC Genomics; Genome wide scan for quantitative trait loci affecting tick resistance in cattle (Bos taurus x Bos indicus); MA Machado, ALS Azevedo, RL Teodoro, MA Pires, MGCD Peixoto, C Freitas; 11; 2010; 280; 10.1186/1471-2164-11-280; CR2;
• Vet Parasitol; Bovine genetic resistance effects on biological traits of Rhipicephalus (Boophilus) microplus; P Biegelmeyer, LQ Nizoli, SS Silva, TRB Santos, NJL Dionello, CC Gulias-Gomes; 208; 2015; 231-237; 10.1016/j.vetpar.2015.01.010; CR3;
• Clin Vaccine Immunol; Immunological profiles of Bos taurus and Bos indicus cattle infested with the cattle tick, Rhipicephalus (Boophilus) microplus; EK Piper, NN Jonsson, C Gondro, AE Lew-Tabor, P Moolhuijzen, ME Vance; 16; 2009; 1074-1086; 10.1128/CVI.00157-09; CR4;
• Vet Parasitol; Breed-associated resistance to tick infestation in Bos indicus and their crosses with Bos taurus; PN Wambura, PS Gwakisa, RS Silayo, E Rugaimukamu; 77; 1998; 63-70; 10.1016/S0304-4017(97)00229-X; CR5;

タイトルに関連する用語 (10件)： ベイズ法 ,  ブラジル ,  ブラ ,  ヘレフォード ,  ウシ ,  品種 ,  抵抗性 ,  予測 ,  タグ ,  SNP