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J-GLOBAL ID：201802276061346788   整理番号：18A0965328

配列データからのウイルス準種間の遺伝的関連性の推論【JST・京大機械翻訳】

Inference of genetic relatedness between viral quasispecies from sequencing data

著者 (8件)： Glebova Olga (Computer Science Department, Georgia State University, Atlanta, USA) ,  Knyazev Sergey (Computer Science Department, Georgia State University, Atlanta, USA) ,  Melnyk Andrew (Computer Science Department, Georgia State University, Atlanta, USA) ,  Artyomenko Alexander (Computer Science Department, Georgia State University, Atlanta, USA) ,  Khudyakov Yury (Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA) ,  Zelikovsky Alex (Computer Science Department, Georgia State University, Atlanta, USA) ,  Skums Pavel (Computer Science Department, Georgia State University, Atlanta, USA) ,  Skums Pavel (Centers for Disease Control and Prevention, Atlanta, USA)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 10  ページ： 918  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： HCVやHIVのようなRNAウイルスは非常に高率で,遺伝的に関連する変異体の集団として感染宿主に存在する。配列決定技術における最近の進歩は,大きな深さでそのような個体群を同定することを可能にする。特に,これらの技術はウイルス試料間の関連性の推論,伝染クラスタの同定,およびウイルス発生研究のための重要な課題である感染源に対する新しい機会を提供する。著者らは,(i)進化的シミュレーションアルゴリズムの遺伝的関連性,(ii)ホスト内ウイルス個体群と相対的境界のサイズの間の最小距離を用いて可能な伝達を検出するアルゴリズムMinDistB,(iii)可能な伝達とそれらの方向を推論するためのクラスタ構造を分析する非パラメトリック再帰クラスタリングアルゴリズム相対論(ReD)を提示した。すべての提案したアルゴリズムを,HCV発生からの実際の配列データを用いて検証した。すべてのアルゴリズムは,高度に不均一なRNAウイルスの発生の分析に適用できる。著者らの実験的検証により,それらがウイルス集団間の遺伝的関連性,ならびに伝達クラスタと発生源の推論を成功裏に同定できることを示した。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  個体群 ,  RNAウイルス ,  シミュレーション ,  クラスタ化 ,  *ウイルス ,  感染 ,  クラスタ ,  HIV【ウイルス】 ,  アルゴリズム
準シソーラス用語： 発生源 ,  クラスタリングアルゴリズム ,  感染源 ,  感染宿主 ,  *遺伝的関連性 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： 遺伝的関連性 ,  送電網 ,  発生調査 ,  シミュレーション ,  クラスタリング

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  個体群生態学  (EE03030S)

引用文献 (21件)：

• Proc Natl Acad Sci; Mutation rates among rna viruses; JW Drake, JJ Holland; 96; 24; 1999; 13910-3; 10.1073/pnas.96.24.13910; citation_id=CR1
• Annu Rev Microbiol; Rna virus mutations and fitness for survival; E Domingo, J Holland; 51; 1; 1997; 151-78; 10.1146/annurev.micro.51.1.151; citation_id=CR2
• Microbiol Mol Biol Rev; Viral quasispecies evolution; E Domingo, J Sheldon, C Perales; 76; 2; 2012; 159-216; 10.1128/MMBR.05023-11; citation_id=CR3
• PLoS Comput Biol; Viral population estimation using pyrosequencing; N Eriksson, L Pachter, Y Mitsuya, SY Rhee, C Wang, B Gharizadeh, M Ronaghi, RW Shafer, N Beerenwinkel; 4; 5; 2008; 1000074; 10.1371/journal.pcbi.1000074; citation_id=CR4
• AIDS (London, England); Detection of low-frequency pretherapy chemokine (cxc motif) receptor 4-using hiv-1 with ultra-deep pyrosequencing; J Archer, MS Braverman, BE Taillon, B Desany, I James, PR Harrigan, M Lewis, DL Robertson; 23; 10; 2009; 1209; 10.1097/QAD.0b013e32832b4399; citation_id=CR5

タイトルに関連する用語 (3件)： ウイルス ,  遺伝的関連性 ,  推論