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J-GLOBAL ID：201802278723449073   整理番号：18A0965850

PIIL 遺伝子経路におけるDNAメチル化と遺伝子発現データの可視化【JST・京大機械翻訳】

PiiL : visualization of DNA methylation and gene expression data in gene pathways

著者 (6件)： Moghadam Behrooz Torabi (Department of Cell and Molecular Biology, Computational and Systems Biology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Zamani Neda (Department of Medical Biochemistry and Microbiology/BILS, Genomics, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Zamani Neda (Department of Plant Physiology, Umea University, Umea, Sweden) ,  Komorowski Jan (Department of Cell and Molecular Biology, Computational and Systems Biology, Uppsala University, Uppsala, Sweden) ,  Komorowski Jan (Institute of Computer Science, Polish Academy of Sciences, Warsaw, Poland) ,  Grabherr Manfred (Department of Medical Biochemistry and Microbiology/BILS, Genomics, Uppsala University, Uppsala, Sweden)
資料名： BMC Genomics (Web)  (BMC Genomics (Web))
巻： 18  号： 1  ページ： 571  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7048A  ISSN： 1471-2164  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:DNAメチル化は細胞の後成的状態に関与する主要な機構である。遺伝子内または遺伝子内の特定のCpG部位のメチル化状態は,サイレンシングまたはいくつかの場合において,転写を上方制御することにより,その発現に直接影響することが観察されている。しかしながら,脊椎動物ゲノムは数百万のCpG部位を含み,それらの全てはメチル化の潜在的標的であり,ほとんどの部位の特異的影響はこれまで特性化されていない。メチル化状態,細胞プログラム,および結果としての表現型の間の複雑な相互作用を研究するために,著者らは,相互作用遺伝子発現経路ブラウザであるPIILを提示し,多重レベルでのメチル化と発現の統合的見解を通して分析を容易にした。【結果】PIILは,経路または遺伝子ネットワークを迅速に評価することによって,特定の仮説試験を可能にする。そこでは,データをオンラインKEGGデータベースから直接ダウンロードできる経路に投影する。PIILは,迅速で特異的なパターン検索を可能にする包括的な一連の分析特徴を提供する。個々のCpG部位と宿主遺伝子発現に及ぼすそれらの影響,ならびに調節ネットワークに存在する他の遺伝子に及ぼす影響を調べることができる。このアプローチの力を例証するために,著者らは,2つのタイプの脳腫瘍,Glioblastoma多形および低グレード神経膠腫を分析した。結論:glanceにおいて,主要なメチル化と発現パターンが組織学よりむしろIDH遺伝子の突然変異によって完全に分離するという以前の知見を確認することができた。遺伝子型が知られていない試料のIDH変異状態も推定できた。異なるフィルタリング法を適用することにより,CpG部位のサブセットが一貫したメチル化パターンを示し,部位の状態が同じ経路で下流に位置する他の遺伝子と同様に重要な調節遺伝子の発現に影響することを示した。PIILはユーザに優しいグラフィカルインタフェイスに焦点を合わせてJavaに実装される。ソースコードは,https:/github.com/behrozt/PiiL. gitからのGPL免許の下で利用可能である。Copyright 2018 The Author(s). All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  *メチル化 ,  キャラクタリゼーション ,  ゲノム ,  遺伝子型 ,  遺伝子サイレンシング ,  *可視化 ,  仮説検定 ,  データベース ,  *遺伝子発現 ,  *遺伝子 ,  突然変異 ,  表現型
準シソーラス用語： CpG ,  *DNAメチル化 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： DNAメチル化 ,  遺伝子発現 ,  可視化 ,  KEGG経路

分類 (1件)： 遺伝子発現  (EC02040Q)

引用文献 (46件)：

• BMC Genomics; Effects of cytosine methylation on transcription factor binding sites; YA Medvedeva, AM Khamis, IV Kulakovskiy, W Ba-Alawi, MS Bhuyan; 15; 2014; 119; 10.1186/1471-2164-15-119; CR1;
• Nat Rev Genet; Functions of DNA methylation: islands, start sites, gene bodies and beyond; PA Jones; 13; 2012; 484-492; 10.1038/nrg3230; CR2;
• Am J Hum Genet; DNA methylation signatures in development and aging of the human prefrontal cortex; S Numata, T Ye, TM Hyde, X Guitart-Navarro, R Tao; 90; 2012; 260-272; 10.1016/j.ajhg.2011.12.020; CR3;
• Moghadam BT, Dabrowski M, Kaminska B, Grabherr MG, Komorowski J. Combinatorial identification of DNA methylation patterns over age in the human brain. BMC Bioinformatics. 2016;17.
• Nat Rev Genet; DNA methylation: roles in mammalian development; ZD Smith, A Meissner; 14; 2013; 204-220; 10.1038/nrg3354; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： 遺伝子 ,  経路 ,  DNAメチル化 ,  遺伝子発現データ ,  可視化