文献

J-GLOBAL ID：201802278844977309   整理番号：18A0920994

系統発生規模の問題:最近の多様な多様化史における遺伝子樹不一致の原因としての側方遺伝子導入からの不完全系統ソーティングの識別【JST・京大機械翻訳】

A matter of phylogenetic scale: Distinguishing incomplete lineage sorting from lateral gene transfer as the cause of gene tree discord in recent versus deep diversification histories

著者 (4件)： Knowles L. Lacey (Department of Ecology and Evolutionary Biology, Museum of Zoology, University of Michigan, 1109 Geddes Avenue, Ann Arbor, MI, 48109-1079, USA) ,  Huang Huateng (Department of Ecology and Evolutionary Biology, Museum of Zoology, University of Michigan, 1109 Geddes Avenue, Ann Arbor, MI, 48109-1079, USA) ,  Sukumaran Jeet (Department of Ecology and Evolutionary Biology, Museum of Zoology, University of Michigan, 1109 Geddes Avenue, Ann Arbor, MI, 48109-1079, USA) ,  Smith Stephen A. (Department of Ecology and Evolutionary Biology, Museum of Zoology, University of Michigan, 1109 Geddes Avenue, Ann Arbor, MI, 48109-1079, USA)
資料名： American Journal of Botany  (American Journal of Botany)
巻： 105  号： 3  ページ： 376-384  発行年： 2018年 
JST資料番号： C0479A  ISSN： 0002-9122  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： アメリカ合衆国 (USA)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 結論:数千の遺伝子座からの配列が系統発生学的関係を推定するために適用されるとき,一般的に,不一致遺伝子木が遭遇する。いくつかのプロセスがこの廃棄物に寄与している。しかし,系統発生を推定するときに,異なる衝突源を共同的にモデル化する方法はない。全ゲノムまたはすべての配列決定遺伝子座を分析する代替法は,系統発生分析のための遺伝子座のサブセットを同定することである。通常の祖先からの降下を反映する可能性のあるデータ分割を同定することができれば,横方向遺伝子移動[LGT]などの他のプロセスとは対照的に,強力な石炭ベースの種木アプローチを用いてこのサブセットを解析できる。【方法】試験データセットは,遺伝子座の間の不一致がILSとLGTから生じることができるところでシミュレートされた。新しく開発されたプログラムCLASSIPHY(Huangら)を用いて解析したデータセットは,ILSとLGTが最近対深い過去に生じ,これらの推論の精度が突然変異プロセスによって影響されるかどうかを評価するために著者らの能力を評価した。重要な結果:著者らは,ILSとLGTイベントが遠い過去と比較してより最近起こったときに,不一致の原因による個々の遺伝子座の確率的分類の精度が異なることを示し,突然変異プロセスから生じる信号対雑音比はLGTデータ分割を推定する困難さに寄与する。結論:著者らは,根底にある炭escentモデル(すなわち,ILSが不一致に寄与するデータ分割)を破らない種木推論のための遺伝子座のサブセットを同定することの有望性と限界に関する著者らの知見を議論する。また,著者らは,生命の木における多くの難分解性ノード(例えば被子植物の起源,羊膜類,またはNeoaves)に与えられた著者らの研究の経験的意味,および連結遺伝子座に対する最近の議論について議論する。Copyright 2018 Wiley Publishing Japan K.K. All Rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： SN比 ,  *多様化 ,  *系統発生 ,  部分集合 ,  モデリング ,  突然変異 ,  *遺伝子導入 ,  *遺伝子 ,  ゲノム ,  *ソーティング ,  羊膜 ,  被子植物 ,  石炭
準シソーラス用語： 系統解析 ,  系統学 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 分類学 ,  コアレッセンス ,  遺伝子-木不一致 ,  不完全系統ソーティング ,  側方遺伝子導入 ,  種の木

分類 (2件)： 進化論一般  (EC03010Q) ,  植物分類学  (EH01030N)

タイトルに関連する用語 (9件)： 系統発生 ,  規模 ,  多様化 ,  遺伝子 ,  原因 ,  遺伝子導入 ,  系統 ,  ソーティング ,  識別