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J-GLOBAL ID：201802278998302881   整理番号：18A0116869

Phylo_dCor:系統発生プロファイリングの新規メトリックとしての距離相関

Phylo_dCor: distance correlation as a novel metric for phylogenetic profiling

著者 (4件)： SFERRA Gabriella (Istituto Superiore di Sanita, Rome, ITA) ,  FRATINI Federica (Istituto Superiore di Sanita, Rome, ITA) ,  PONZI Marta (Istituto Superiore di Sanita, Rome, ITA) ,  PIZZI Elisabetta (Istituto Superiore di Sanita, Rome, ITA)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Sept  ページ： 18:396 (WEB ONLY)  発行年： 2017年09月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景:ゲノム配列からの機能的および物理的な蛋白質-蛋白質相互作用を予測する強力な方法の洗練は,ポストゲノム時代の主要な課題の1つである。系統発生プロファイリングは,原核生物および真核生物の両方における全ゲノムレベルでの蛋白質-蛋白質相互作用の予測を可能にする。このため,最も有望な方法の1つと考えられている。結果:ここでは,大きなゲノムデータセットを扱い,全体的な蛋白質-蛋白質相互作用を推論できる系統発生プロファイリングの改善を提案する。この方法は,距離相関を系統発生プロファイル類似性の新しい尺度として用いる。著者らは,堅牢なリファレンスセットを構築し,大きなゲノムデータに適用可能な距離相関を計算するアルゴリズムの並列バージョンであるPhylo-dCorを開発した。Saccharomyces cerevisiaeとEscherichia coliのゲノムデータセットを用いて,著者らはPhylo-dCorがプロファイル情報の類似性の指標として相互情報とピアソンの相関に基づいて以前に記載された系統発生プロファイリング方法より優れていることを示した。結論:本研究では,堅牢な基準セットを構築し,評価し,系統的プロファイルを比較するための尺度として距離相関を提案した。大きなゲノムデータに適用するために,距離相関を計算するためのアルゴリズムのパラレルバージョンであるPhylo-dCorを開発した。要求に応じて,幅広い機械で実行できる2つのRスクリプトを利用できる。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *系統発生 ,  *分子間相互作用 ,  ヌクレオチド配列 ,  ゲノム ,  *アルゴリズム ,  相関 ,  Saccharomyces cerevisiae ,  大腸菌 ,  予測技法 ,  特徴抽出
準シソーラス用語： ゲノム配列 ,  プロファイリング ,  距離相関 ,  *蛋白質間相互作用

分類 (2件)： 生物学的機能  (EB03040U) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： 系統発生 ,  プロファイリング ,  メトリック ,  相関