文献

J-GLOBAL ID：201802279297221866   整理番号：18A1198122

小RNAウイルスの完全ゲノムを配列し分析するためのロバストで費用効果的なアプローチ【JST・京大機械翻訳】

A robust and cost-effective approach to sequence and analyze complete genomes of small RNA viruses

著者 (13件)： Dimitrov Kiril M. (Exotic and Emerging Avian Viral Diseases Research Unit, Southeast Poultry Research Laboratory, US National Poultry Research Center, Agricultural Research Service, USDA, Athens, USA) ,  Sharma Poonam (Exotic and Emerging Avian Viral Diseases Research Unit, Southeast Poultry Research Laboratory, US National Poultry Research Center, Agricultural Research Service, USDA, Athens, USA) ,  Volkening Jeremy D. (BASE2BIO, Oshkosh, USA) ,  Goraichuk Iryna V. (Exotic and Emerging Avian Viral Diseases Research Unit, Southeast Poultry Research Laboratory, US National Poultry Research Center, Agricultural Research Service, USDA, Athens, USA) ,  Goraichuk Iryna V. (National Scientific Center Institute of Experimental and Clinical Veterinary Medicine, Kharkiv, Ukraine) ,  Wajid Abdul (Quality Operations Laboratory (QOL), University of Veterinary and Animal Sciences, Lahore, Pakistan) ,  Wajid Abdul (Institute of Biochemistry and Biotechnology, University of Veterinary and Animal Sciences, Lahore, Pakistan) ,  Rehmani Shafqat Fatima (Quality Operations Laboratory (QOL), University of Veterinary and Animal Sciences, Lahore, Pakistan) ,  Basharat Asma (Quality Operations Laboratory (QOL), University of Veterinary and Animal Sciences, Lahore, Pakistan) ,  Shittu Ismaila (Regional Laboratory for Animal Influenza and other Transboundary Animal Diseases, National Veterinary Research Institute, PMB01, Vom, Nigeria) ,  Joannis Tony M. (Regional Laboratory for Animal Influenza and other Transboundary Animal Diseases, National Veterinary Research Institute, PMB01, Vom, Nigeria) ,  Miller Patti J. (Exotic and Emerging Avian Viral Diseases Research Unit, Southeast Poultry Research Laboratory, US National Poultry Research Center, Agricultural Research Service, USDA, Athens, USA) ,  Afonso Claudio L. (Exotic and Emerging Avian Viral Diseases Research Unit, Southeast Poultry Research Laboratory, US National Poultry Research Center, Agricultural Research Service, USDA, Athens, USA)
資料名： Virology Journal (Web)  (Virology Journal (Web))
巻： 14  号： 1  ページ： 72  発行年： 2017年 
JST資料番号： U7347A  ISSN： 1743-422X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 【背景】新生配列決定(NGS)は,核酸の超深塩基配列決定を可能にする。標的特異的プライマーを利用しないウイルス核酸の配列非依存性増幅の利用は,従来の配列決定法に優る利点を提供し,疑われない変異体と共感染剤の検出を可能にする。しかしながら,NGSは,誤って認識されたコスト評価と自由に利用可能なバイオインフォマティクスツールの非効率的な利用のために,小RNAウイルスに対して広く使用されていない。【方法】本研究において,著者らは,複数の鳥類パラミキソウイルスのゲノム配列を迅速に,効果的に,同時に特性化するために,ライブラリのバーコード多重化と結合した全RNAのNGSベースのランダム配列決定を利用した。30のライブラリーを尿膜液中で増幅された診断試料から調製し,それらの全RNAをIllina MiSeq装置上の単一フローセル中で配列決定した。ディジタル正規化の後,データは,Galaxyプラットフォーム上のカスタマイズされたワークフローの中で,MIRAアセンブラを用いて組み立てられた。【結果】28の鳥パラミキソウイルス1(APMV-1),1つのAPMV-13,4つの鳥インフルエンザ,および2つの感染性気管支炎ウイルス完全またはほぼ完全なゲノム配列を,単一ランから得た。29の鳥類パラミキソウイルスゲノムは,30以上のPhred品質スコアを有する塩基に基づいて99.6%の平均被覆率を示した。これら29試料の位置当たりの試料中央深さの下部及び上部四分位はそれぞれ2984及び6894であり,深い変異体分析に十分な試料を横切る被覆率を示した。試料処理とライブラリー調製は約25~30時間を要し,配列決定は39時間を要し,Galaxyワークフローを通しての処理は約2~3時間かかった。労働を除くすべてのステップのコストは,サンプル当たり106USDと推定された。【結論】本研究は,RNAウイルスのゲノムの特性化のための効率的な多重化NGSアプローチ,詳細な分析ワークフロー,およびカスタマイズされたツールを記述する。多重完全長ウイルスゲノムの同時特性化のために,多重化NGS技術とGalaxyワークフロープラットフォームとの組合せにより,高速,ユーザフレンドリー,費用効率の高いプロトコルが得られた。高い中央値を持つ29の完全長またはほぼ完全長のAPMVゲノムを30試料から成功裏に配列決定した。適用したde novo集合法は,いくつかの試料における混合ウイルス集団の同定も可能にした。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： ワークフロー ,  カスタム化 ,  正規化 ,  *ゲノム ,  バーコード ,  ヌクレオチド配列 ,  キャラクタリゼーション ,  多重化 ,  試料調製 ,  染料 ,  パラミキソウイルス ,  品質 ,  *RNA【核酸】 ,  ディジタル方式 ,  *ロバスト性

著者キーワード (9件)： ニューカッスル病ウイルス ,  次世代シークエンシング ,  多重化 ,  銀河 ,  de novo組立 ,  多重化 ,  完全ゲノム ,  混合感染 ,  鳥類パラミキソウイルス

分類 (1件)： 遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

引用文献 (64件)：

• Annu Rev Phytopathol; Identification of viruses and viroids by next-generation sequencing and homology-dependent and homology-independent algorithms; Q Wu, SW Ding, Y Zhang, S Zhu; 53; 2015; 425-44; 10.1146/annurev-phyto-080614-120030; CR1;
• J Virol; Metagenomic analyses of viruses in stool samples from children with acute flaccid paralysis; JG Victoria, A Kapoor, L Li, O Blinkova, B Slikas, C Wang, A Naeem, S Zaidi, E Delwart; 83; 2009; 4642-51; 10.1128/JVI.02301-08; CR2;
• Proc Natl Acad Sci U S A; A virus discovery method incorporating DNase treatment and its application to the identification of two bovine parvovirus species; T Allander, SU Emerson, RE Engle, RH Purcell, J Bukh; 98; 2001; 11609-14; 10.1073/pnas.211424698; CR3;
• J Virol Methods; Simultaneous rapid sequencing of multiple RNA virus genomes; JD Neill, DO Bayles, JF Ridpath; 201; 2014; 68-72; 10.1016/j.jviromet.2014.02.016; CR4;
• Arch Virol; Identification of a novel astrovirus in a domestic pig in Hungary; G Reuter, P Pankovics, A Boros; 156; 2011; 125-8; 10.1007/s00705-010-0827-5; CR5;

タイトルに関連する用語 (5件)： RNAウイルス ,  ゲノム ,  分析 ,  ロバスト ,  費用効果