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J-GLOBAL ID：201802279303833870   整理番号：18A1996304

KATZ測定に基づくLncRNAと環境因子間の新しい潜在的関連性の予測【JST・京大機械翻訳】

Prediction of new potential associations between LncRNAs and environmental factors based on KATZ measure

著者 (2件)： Vural Hueseyin (Department of Computer Technologies, Adiyaman University, Adiyaman, Turkey) ,  Kaya Mehmet (Department of Computer Engineering, Firat University, Elazig, Turkey)
資料名： Computers in Biology and Medicine  (Computers in Biology and Medicine)
巻： 102  ページ： 120-125  発行年： 2018年 
JST資料番号： E0858A  ISSN： 0010-4825  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 遺伝的因子と環境因子(EFs)の間の関連性は,多くの複雑なヒト疾患の発生と進行を理解するために重要である。遺伝的因子(蛋白質コード遺伝子,マイクロRNA)およびEFに関する多くの研究がなされているが,長い非コードRNA(lncRNA)とEFsの間の関連性に関する研究は限られている。200以上のヌクレオチドのlncRNAは,非コード転写物の重要なクラスであり,遺伝子発現の組織化,したがって疾患の形成に効果的である。環境因子は,いくつかのlncRNAの発現パターンを変えることができるので,lncRNAと環境因子の間の関連性の完全な理解は,分子レベルでの多くの複雑な疾患の機構の理解に貢献する。本研究では,lncRNAとEFの間の証明された関連を含むDLREFDデータベースを用いて,lncRNAとEFsの間の潜在的な新しい関連性を見出すためにKatz測度に基づくモデルを開発した。Katz測度とGauss相互作用プロファイルカーネル類似性を用いて,lncRNAとEFsの間の新しい潜在的関連性を予測した。グローバルなleave-one-out交差検証法と2倍および5倍交差検証法によって得られたAUC結果は,それぞれ0.85,0.827,0.838であった。これらの結果は,著者らのモデルが高い信頼性でlncRNAとEFsの間の新しい潜在的関連を予測できることを示している。また,事例研究で得られた結果は,本モデルの有効性を実証した。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 相互作用 ,  タンパク質 ,  遺伝子発現 ,  事例研究 ,  データベース ,  モデル ,  *予測 ,  ヌクレオチド ,  測度 ,  遺伝 ,  類似性 ,  遺伝子
準シソーラス用語： 非翻訳長鎖RNA ,  マイクロRNA ,  *環境因子 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： 長い非コードRNA ,  環境要因 ,  リンク予測 ,  Katz測度

分類 (2件)： 遺伝子発現  (EC02040Q) ,  分子・遺伝情報処理  (JE15040B)

タイトルに関連する用語 (4件)： lncRNA ,  環境因子 ,  関連性 ,  予測