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J-GLOBAL ID：201802279435702708   整理番号：18A0233872

乳癌リスクを変化させる可能性のある薬物をコネクティビティーマッピングにより同定するための総合的メタ解析法

An integrated meta-analysis approach to identifying medications with potential to alter breast cancer risk through connectivity mapping

著者 (7件)： THILLAIYAMPALAM Gayathri (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  LIBERANTE Fabio (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  MURRAY Liam (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  CARDWELL Chris (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  MILLS Ken (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  ZHANG Shu-Dong (Queen’s Univ. Belfast, Belfast, GBR) ,  ZHANG Shu-Dong (Univ. Ulster, L/Derry, GBR)
資料名： BMC Bioinformatics (Web)  (BMC Bioinformatics (Web))
巻： 18  号： Dec  ページ： 18:581 (WEB ONLY)  発行年： 2017年12月 
JST資料番号： U7025A  ISSN： 1471-2105  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 背景 遺伝子発現コネクティビティーマッピングは,その有用性と有望さを証明するための生物医学的研究における多くの適用の成功に伴って,最近大きな人気を集めている。コネクティビティーマッピングは主に病状を抑制することができる低分子化合物の同定に適用されている。本研究では,さらに,ある疾患の状態を悪化させ,あるいはその疾患の進行のリスクを増加させる可能性がある低分子化合物を興味の対象とした。事例研究として乳癌を用いて,標的疾患(乳癌)を抑制あるいは誘発する効果をもつ可能性がある一般的に処方される薬物を同定するための方法論を開発し,試験することを目指した。結果 パブリックデータレポジトリから7000人以上の患者の乳癌の遺伝子発現データセットのコレクションを得た。生の遺伝子発現データの統一的処理および正規化,バッチ効果の系統的除去および差次的発現解析のためのバランスの取れたサンプリングの複数回の実行を含む,遺伝子発現コネクティビティーマッピングのための総合メタ解析法を開発した。差次的に発現された厳選された遺伝子を用いて,同じ生物学的状態を示す複数の非結合遺伝子シグネチャーを構築した。驚くべきことに,コネクティビティーマッピングから得られたこれらの非結合遺伝子シグネチャーにより重複部分が多い候補薬物のリストが分離され,乳癌に対して予測される効果に高い信頼性が得られた。特に注目すべきことは,乳癌遺伝子シグネチャーとの逆の関連が同定された上位26の化合物のうち,14の化合物は既知の抗癌剤であった。結論 乳癌を悪化あるいは乳癌リスクを増加させる可能性がある少数の候補薬物が同様に同定された。乳癌リスクに対するこれらの薬物の効果を確証するには,大規模集団に対してさらに研究を行うことが必要である。以上,本研究により,遺伝子発現コネクティビティーマッピングを介して癌のリスクを変化させる可能性がある薬物を同定する新しい方法と適切な例が得られた。(翻訳著者抄録)

シソーラス用語： *遺伝子発現 ,  遺伝学実験技術 ,  乳房腫瘍 ,  リスク ,  *薬物 ,  化合物 ,  フィルタリング ,  遺伝子
準シソーラス用語： *コネクティビティーマッピング ,  データセット ,  *差次的発現 ,  *乳がんリスク ,  乳癌 ,  発癌リスク

分類 (2件)： 分子・遺伝情報処理  (JE15040B) ,  その他の薬物の基礎研究  (GW23010K)

タイトルに関連する用語 (5件)： 乳癌リスク ,  可能性 ,  薬物 ,  同定 ,  メタ解析