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J-GLOBAL ID：201802281486395915   整理番号：18A1395840

線形回帰はトランスクリプトームデータと細胞Ramanスペクトルを連結する【JST・京大機械翻訳】

Linear Regression Links Transcriptomic Data and Cellular Raman Spectra

著者 (18件)： Kobayashi-Kirschvink Koseki J. (Department of Basic Science, Graduate School of Arts and Sciences, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Nakaoka Hidenori (Department of Basic Science, Graduate School of Arts and Sciences, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Nakaoka Hidenori (Research Center for Complex Systems Biology, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Oda Arisa (Department of Life Sciences, Graduate School of Arts and Sciences, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Kamei Ken-ichiro F. (Department of Basic Science, Graduate School of Arts and Sciences, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Nosho Kazuki (Department of Biotechnology, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-8657, Japan) ,  Fukushima Hiroko (Department of Biotechnology, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-8657, Japan) ,  Kanesaki Yu (NODAI Genome Research Center, Tokyo University of Agriculture, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan) ,  Kanesaki Yu (Research Institute of Green Science and Technology, Shizuoka University, Suruga-ku, Shizuoka 422-8529, Japan) ,  Yajima Shunsuke (NODAI Genome Research Center, Tokyo University of Agriculture, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan) ,  Yajima Shunsuke (Department of Bioscience, Tokyo University of Agriculture, Setagaya-ku, Tokyo 156-8502, Japan) ,  Masaki Haruhiko (Department of Biotechnology, Graduate School of Agricultural and Life Sciences, The University of Tokyo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-8657, Japan) ,  Ohta Kunihiro (Research Center for Complex Systems Biology, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Ohta Kunihiro (Department of Life Sciences, Graduate School of Arts and Sciences, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Ohta Kunihiro (Universal Biology Institute, The University of Tokyo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan) ,  Wakamoto Yuichi (Department of Basic Science, Graduate School of Arts and Sciences, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Wakamoto Yuichi (Research Center for Complex Systems Biology, The University of Tokyo, Meguro-ku, Tokyo 153-8902, Japan) ,  Wakamoto Yuichi (Universal Biology Institute, The University of Tokyo, Bunkyo-ku, Tokyo 113-0033, Japan)
資料名： Cell Systems  (Cell Systems)
巻： 7  号： 1  ページ： 104-117.e4  発行年： 2018年 
JST資料番号： W3087A  ISSN： 2405-4712  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： Raman顕微鏡法は,細胞型と状態を特性化するために生細胞の分子組成を評価するために適用された画像技術である。しかしながら,細胞における多様な分子種と特異的分子にピークを割り当てる挑戦により,細胞Ramanスペクトルを解釈する方法は明確ではない。ここでは,Schizosaccharomyces pombeおよびEscherichia coliの細胞Ramanスペクトルおよびトランスクリプトームプロファイルを計算的に連結し,解釈することができるという堅固な証拠を提供する。RNA配列決定により測定された高次元Ramanスペクトルとトランスクリプトームの次元は,共有低次元部分空間を通して直線的に減少し,連結され得ることを見出した。したがって,計算した変換マトリックスをRamanスペクトルに適用することにより,全体的な遺伝子発現プロファイルを予測することができた。高度に発現した非コードRNAは,S.pombeにおけるmRNAよりも有意にRaman-トランスクリプトーム線形対応に寄与した。細胞Ramanスペクトルとトランスクリプトームの間の対応のこの実証は,分光学的細胞-細胞オミクス研究を確立するための有望なステップである。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： データ解析 ,  RNA【核酸】 ,  *トランスクリプトーム ,  キャラクタリゼーション ,  *線形性 ,  mRNA ,  *Ramanスペクトル ,  大腸菌 ,  ロバスト性 ,  画像技術 ,  オミックス ,  非翻訳RNA ,  低次元 ,  生細胞 ,  分裂酵母 ,  微生物 ,  サッカロミセス綱 ,  サッカロミセス目
準シソーラス用語： Schizosaccharomyces pombe , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (5件)： Raman顕微鏡 ,  トランスクリプトーム ,  高次元生物学的データ解析 ,  単一細胞分析 ,  生細胞オミックス

分類 (5件)： 有機化合物の赤外スペクトル及びRaman散乱,Ramanスペクトル  (BM08064T) ,  腫ようの化学・生化学・病理学  (GE02030N) ,  分光法と分光計一般  (BD07041Q) ,  生体の顕微鏡観察法  (EA03050C) ,  有機化合物の赤外・Ramanスペクトル(分子)  (BH06033S)

タイトルに関連する用語 (4件)： 線形回帰 ,  トランスクリプトーム ,  細胞 ,  Ramanスペクトル