文献

J-GLOBAL ID：201802281605262573   整理番号：18A1523075

キーウィフルーツカルコンシンターゼ遺伝子CHSコドン選好分析【JST・京大機械翻訳】

Codon Usage Bias of Chalcone Synthase Gene CHS in Kiwifruit

著者 (6件)： Chen Yiting (福建省農業科学院果樹研究所,福建福州,350013) ,  Lai Ruilian (福建省農業科学院果樹研究所,福建福州,350013) ,  Feng Xin (福建省農業科学院果樹研究所,福建福州,350013) ,  Gao Minxia (福建省農業科学院果樹研究所,福建福州,350013) ,  Zhang Zhanghe (福建省建寧県農業局,福建三明,354500) ,  Wu Rujian (福建省農業科学院果樹研究所,福建福州,350013)
資料名： Fujian Nongye Xuebao  (Fujian Nongye Xuebao)
巻： 32  号： 11  ページ： 1213-1217  発行年： 2017年 
JST資料番号： C3842A  ISSN： 1008-0384  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： 中国 (CHN)  言語： 中国語 (ZH)

抄録/ポイント： キーウィフルーツカルコンシンターゼ遺伝子(ChalconeSynthase,CHS)のコドン使用特性を知るために,CodonW,SPSS,およびS.MEGAソフトウェアとEMBOSSオンラインプログラムを用いて、キウイフルーツのCHSコドンの選好性を分析し、単双子葉植物のCHS系統樹を構築した。その結果,CHSの有効コドン数(ENc),総GおよびC含有量(GC)およびコドンの第3位におけるGまたはC含有量(GC3s)は,それぞれ57.21および0であった。533と0.607;同義コドンの相対使用度(RSCU)が1.0より大きいコドン数は30であるが、選好性の強いコドンは存在しない。クラスタ分析の結果、コドン使用の選好性分類に基づき、単双子葉を正確的に分類でき、CHS配列の類似性クラスタリング結果は理想的ではないことが分かった。コドン使用頻度分析により、キウイフルーツのCHSとモデル生物シロイヌナズナと大腸菌のゲノム間のコドン使用の選好性の差異は比較的小さいことが明らかになった。研究により、キウイフルーツのCHSコドンの選好性は弱いが、GとCを使用、GまたはCで終わったコドンを傾く傾向がある。単双子葉植物CHS間に厳密なコドン使用法則が存在する。さらに、シロイヌナズナと大腸菌はおそらくキウイフルーツのCHSの遺伝的転化と異種発現の理想的な受容体系である。Data from Wanfang. Translated by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *遺伝 ,  大腸菌 ,  *コドン ,  生体モデル ,  系統樹 ,  ゲノム ,  嗜好性 ,  キウイフルーツ ,  ソフトウェア ,  Arabidopsis thaliana ,  クラスタ化 ,  クラスタ分析 ,  類似性 ,  受容体
準シソーラス用語： 使用頻度 , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (4件)： Kiwifruit ,  chalcone synthase ,  codon usage bias ,  cluster analysis

分類 (2件)： 分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  遺伝子の構造と化学  (EC02020U)

タイトルに関連する用語 (5件)： 遺伝子 ,  CHS ,  コドン ,  選好 ,  分析