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J-GLOBAL ID：201802281631083324   整理番号：18A1479892

化学シフトを用いたジスルフィド二面角の予測【JST・京大機械翻訳】

Prediction of disulfide dihedral angles using chemical shifts

著者 (3件)： Armstrong David A. (The University of Queensland, Faculty of Medicine, School of Biomedical Sciences, Brisbane, Australia. [e-mail] [e-mail]) ,  Kaas Quentin ,  Rosengren K. Johan
資料名： Chemical Science (Web)  (Chemical Science (Web))
巻： 9  号： 31  ページ： 6548-6556  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7042A  ISSN： 2041-6539  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： イギリス (GBR)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： シスチン残基はシステイン残基間のジスルフィド結合の形成に起因する。この骨格の架橋はペプチド及び蛋白質の構造及び活性に必須である。シスチン側鎖の立体配座は,5つの二面角,χ1,χ2,χ3,χ2′,及びχ1′を用いて記述でき,シスチンはこれらの角度の一定の組み合わせに好都合である。2D NMR分光法は,それらの小さいサイズと制約された性質のため,ジスルフィドに富むペプチドの構造決定に理想的に適している。しかしながら,シスチン側鎖立体配座の限られた情報のみがNMR分光法により決定され,推定された3D構造の曖昧さをもたらす。正確な構造の解明は,ジスルフィドに富むペプチドが,生物活性リードまたは足場のような多くの分野で有望な薬物候補であることが証明されているので重要である。結晶構造と組み合わせたNMR化学シフトのデータベースを用いて,システイン側鎖の二面角を予測するためにサポートベクトルマシンを用いるDISHと呼ばれる方法を開発した。91%の精度でχ2角度をうまく予測することができて,87%の精度で,χ1角度のために既存の予測方法の上で性能を向上させた。81%のシステイン残基に対して,DISHはχ1とχ2の両方の角度をうまく予測した。NMR分光法を用いて決定されたペプチドの公表された溶液構造を再検討することにより,3Dモデルの品質に及ぼす追加シスチン二面体拘束の影響を評価した。皿は分解能と精度を改善し,ペプチド薬物の構造活性相関と合理的な開発の理解を改善する可能性を強調した。Copyright 2018 Royal Society of Chemistry All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： *ジスルフィド ,  生物活性 ,  三次元 ,  タンパク質 ,  ペプチド ,  結晶構造 ,  データベース ,  NMR【磁気共鳴】 ,  側鎖 ,  立体配座 ,  サポートベクトルマシン ,  脂肪族アミン ,  チオール ,  脂肪族カルボン酸 ,  含硫アミノ酸 ,  第一アミン
準シソーラス用語： システイン残基 ,  残基 , 【Automatic Indexing@JST】

分類 (5件)： 分子構造  (EB03020Y) ,  生物学的機能  (EB03040U) ,  有機化合物のNMR  (BM07044Q) ,  八員環以上の複素環化合物  (CF07120T) ,  生物物理的研究法  (EA03020V)

物質索引 (2件)： システイン ,  シスチン

タイトルに関連する用語 (3件)： 化学シフト ,  ジスルフィド ,  予測