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J-GLOBAL ID：201802282088466234   整理番号：18A1292955

魚類病原菌Flavobacterium psychrophilumのゲノム多様性と進化【JST・京大機械翻訳】

Genomic Diversity and Evolution of the Fish Pathogen Flavobacterium psychrophilum

著者 (21件)： Duchaud Eric (Unite de Virologie et Immunologie Moleculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Rochat Tatiana (Unite de Virologie et Immunologie Moleculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Habib Christophe (Unite de Virologie et Immunologie Moleculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Habib Christophe (Unite Mathematiques et Informatique Appliquees du Genome a l’Environnement (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Barbier Paul (Unite de Virologie et Immunologie Moleculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Loux Valentin (Unite Mathematiques et Informatique Appliquees du Genome a l’Environnement (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Guerin Cyprien (Unite Mathematiques et Informatique Appliquees du Genome a l’Environnement (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Dalsgaard Inger (Section for Bacteriology and Pathology, National Veterinary Institute, Technical University of Denmark) ,  Madsen Lone (Section for Bacteriology and Pathology, National Veterinary Institute, Technical University of Denmark) ,  Nilsen Hanne (Department of Aquatic Animal health, Norwegian Veterinary Institute) ,  Sundell Krister (Laboratory of Aquatic Pathobiology, Environmental and Marine Biology, Faculty of Science and Engineering, Åbo Akademi University) ,  Wiklund Tom (Laboratory of Aquatic Pathobiology, Environmental and Marine Biology, Faculty of Science and Engineering, Åbo Akademi University) ,  Strepparava Nicole (Laboratory of Applied Microbiology, Department for Environment Constructions and Design, University of Applied Sciences and Arts of Southern Switzerland (SUPSI)) ,  Wahli Thomas (Centre for Fish and Wildlife Health (FIWI), University of Bern) ,  Caburlotto Greta (Department of Fish Pathology, Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie) ,  Manfrin Amedeo (Department of Fish Pathology, Istituto Zooprofilattico Sperimentale delle Venezie) ,  Wiens Gregory D. (National Center for Cool and Cold Water Aquaculture, Agricultural Research Service, United States Department of Agriculture) ,  Fujiwara-Nagata Erina (Department of Fisheries, Kindai University) ,  Avendano-Herrera Ruben (Departamento Facultad de Ciencias Biologicas, Universidad Andres Bello, Universidad Andres BelloVina del Mar, Interdisciplinary Center for Aquaculture Research) ,  Bernardet Jean-Francois (Unite de Virologie et Immunologie Moleculaires (VIM), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay) ,  Nicolas Pierre (Unite Mathematiques et Informatique Appliquees du Genome a l’Environnement (MaIAGE), Institut National de la Recherche Agronomique, Universite Paris-Saclay)
資料名： Frontiers in Microbiology (Web)  (Frontiers in Microbiology (Web))
巻： 9  ページ： 138  発行年： 2018年 
JST資料番号： U7080A  ISSN： 1664-302X  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： スイス (CHE)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： サケ科魚類におけるニジマス稚魚症候群および細菌冷水病の病原体であるFlavobacterium chsyphilumは,世界中のサケ科農業の生産性を妨げている主な細菌病原体の1つである。本研究では,30の新しく配列された分離株を含む41のゲノムのセットを用いて,F. chrophphilum種のゲノム多様性を分析した。これらは,種の多様性の被覆を最大化する2つの目的で入手可能なMLSTデータに基づいて選択され,世界的に養殖されたニジマス(Oncorhynchus mykiss)を感染させる主要なクローン複合体(CC-ST10)に焦点を当てることができた。結果は,ヌクレオチド多様性に関して限られたゲノム多様性を持つ細菌種を明らかにし,対ゲノム比較におけるCDSs内の約0.3%ヌクレオチド分岐,および各ゲノムにおける遺伝子の約80%を占めるコアゲノムを持つ遺伝子レパートリーに関する。ゲノムが1つずつ添加されたとき,新しい遺伝子発見の速度に適合するべき乗則のスケーリング指数に従って,汎ゲノムは「オープン」と思われる。組換えは,コアゲノムにおける高レベルの見かけのホモプラスミーで見られるように,種の進化過程の重要な要素である。密接に関連したゲノムの対における組換え路を描写するために隠れMarkovモデルを用いて,平均再結合トラクト長を約4.0Kbpと推定し,ヌクレオチドレベル分化(r/m)への組換えと突然変異の寄与の典型的比率を13と推定した。CC-ST10内では,非再結合領域で計算された進化距離と27年までサンプリングされた22分離株間の比較は,北アメリカの19世紀後半における最も最近の共通祖先を示し,このクローン複合体の世界的拡大と一致した。F.psychpsychroumの遺伝子操作のためのツールの開発を促進する目的で,プラスミドに特別な注意を払った。それらの抽出と配列決定により,サイズ類似性により古典的プラスミドプロファイリングに隠されたプラスミド多様性を明らかにした。Copyright 2018 The Author(s) All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【JST・京大機械翻訳】

シソーラス用語： 病原体 ,  ヌクレオチド ,  プラスミド ,  類似性 ,  *ゲノム ,  稚魚 ,  複合体 ,  遺伝子操作 ,  結合部位 ,  ニジマス ,  *Flavobacterium ,  クローン ,  分化 ,  突然変異
準シソーラス用語： *Flavobacterium psychrophilum , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： Flavobacterium psychophilum ,  水産養殖 ,  魚類病原性細菌 ,  比較ゲノミクス ,  クローン複合体 ,  相同組換え

分類 (3件)： 微生物形態学・分類学  (EG03030Y) ,  分子遺伝学一般  (EC02010J) ,  細菌による動物の伝染病  (FE02023A)

タイトルに関連する用語 (6件)： 魚類 ,  病原菌 ,  Flavobacterium ,  ゲノム ,  多様性 ,  進化