文献

J-GLOBAL ID：201802282128399132   整理番号：18A0024380

分子動力学における増強サンプリングによる蛋白質の配位子拡散【Powered by NICT】

Ligand diffusion in proteins via enhanced sampling in molecular dynamics

著者 (2件)： Rydzewski J. (Institute of Physics, Faculty of Physics, Astronomy and Informatics, Nicolaus Copernicus University, Grudziadzka 5, 87-100 Torun, Poland) ,  Nowak W. (Institute of Physics, Faculty of Physics, Astronomy and Informatics, Nicolaus Copernicus University, Grudziadzka 5, 87-100 Torun, Poland)
資料名： Physics of Life Reviews  (Physics of Life Reviews)
巻： 22-23  ページ： 58-74  発行年： 2017年 
JST資料番号： W3120A  ISSN： 1571-0645  資料種別： 逐次刊行物 (A)
記事区分： 原著論文  発行国： オランダ (NLD)  言語： 英語 (EN)

抄録/ポイント： 生物物理学における計算機シミュレーションは原子レベルで生体高分子の動力学と機能を述べた。生命のための特に重要な運動の中で不均質媒質における輸送プロセスである。蛋白質内の配位子拡散の過程を分子動力学シミュレーションを用いてモデル化できる複雑な稀な事象の一例である。配位子とその生物学的標的の間の物理的相互作用の研究は新薬と酵素の設計のための非常に重要である。残念なことに,配位子の拡散のプロセスを実験的に研究することが困難である。配位子放出経路を同定するための必要性と配位子は蛋白質トンネルを通って移動するかを理解することは,この問題に対するいくつかの方法論的アプローチの開発に拍車をかけた。蛋白質チャンネルの複雑なトポロジーと配位子経路の過渡的性質を,正準分子動力学シミュレーションによるリガンド入口/脱出経路のモデリングにおける困難を提起している。本レビューでは,配位子の拡散反応座標の再構成と立体配座空間の増強サンプリングを用いたこれらの反応座標に沿った自由エネルギープロファイルを含む方法論を報告した。いくつかの配位子-蛋白質系に上記の方法,チトクロームとG蛋白質共役受容体を含むを説明した。法は一般的であり,生命体における他の輸送プロセスに採用される可能性がある。Copyright 2018 Elsevier B.V., Amsterdam. All rights reserved. Translated from English into Japanese by JST.【Powered by NICT】

シソーラス用語： 再構成 ,  位相幾何学 ,  立体配座 ,  生物物理学 ,  酵素 ,  *タンパク質 ,  不均質媒質 ,  生体高分子 ,  *分子動力学 ,  モデリング ,  輸送現象 ,  反応座標 ,  計算機シミュレーション ,  自由エネルギー
準シソーラス用語： 分子動力学シミュレーション , 【Automatic Indexing@JST】

著者キーワード (6件)： 配位子拡散 ,  生物学的輸送 ,  分子動力学 ,  増強サンプリング ,  反応座標 ,  自由エネルギー

分類 (1件)： 蛋白質・ペプチド一般  (EB03010N)

タイトルに関連する用語 (6件)： 分子動力学 ,  増強 ,  サンプリング ,  蛋白質 ,  配位子 ,  拡散